Флаг Подгоренского муниципального района утвержден Решением Совета народных депутатов района № 3 от 22 декабря 2006 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2896. Описание флага Подгоренского муниципального района гласит:

"Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края голубую полосу в 2/9 ширины полотнища, вплотную к полосе и древку изображена белая каменистая гора с пурпурной пещерой, в коей виден желтый колокол".

Флаг муниципального образования «Подгоренский муниципальный район» Воронежской области (далее – флаг Подгоренского муниципального района) составлен на основании герба Подгоренского муниципального района по правилам и соответствующим традициям геральдики, и отражает исторические, культурные, социально-экономические, национальные и иные местные традиции.
Подгоренский район расположен в юго-западной части Воронежской области на берегах реки Дон. Районный центр – поселок Подгоренский – основан как слобода Подгорное в начале ХVIII века.
Главная фигура флага – белая гора – говорит о названии района. По имеющимся сведениям хаты первых поселенцев появились вблизи оврагов меловых круч «под горою», откуда и пошло название селения, а впоследствии и района. Район расположен на юго-восточных отрогах Средне-Русской возвышенности, и его территория изрезана оврагами и балками.
Белая гора с пещерой и желтым колоколом символизирует святые места Подгоренского района, которые и по сей день обладают притягательной силой. Одной из жемчужин Воронежской области являются белогорские, семейские и костомаровские пещеры, и расположенные в них пещерные храмы. Двухпрестольный пещерный собор, при входе в который возвышаются меловые столбы – «дивы», является уникальным памятником. Колокол – символ «духовного начала».
Белая гора символизирует также уникальное месторождение мергеля (смеси известняка и глины, приготовленной самой природой), открытое А.А.Дубянским на южном участке «Белой горы», давшей название селу Подгорное. На базе этих мергелей с 1932 года работает цементный завод, который способствовал экономическому развитию Подгоренского района.
Желтый цвет (золото) – символ богатства, уважения, интеллекта, стабильности.
Белый цвет (серебро) – символ мира, взаимопонимания, чистоты.
Голубой (синий) цвет – символ возвышенных устремлений, мышлений, искренности и добродетели.
Голубая оконечность дополняет символику флага и показывает географическое расположение района в бассейне реки Дон.
Красный цвет символизирует труд, жизнеутверждающую силу, мужество, праздник, красоту".

Материалы сайта Подгоренского района. Фото свидетельства - от А. Юрасова