Флаг Пекшинского МО утвержден решением Совета народных депутатов муниципального образования Пекшинское от 26 октября 2017 года № 41/9 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11599. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба муниципального образования Пекшинское, изображённые красным, зеленым, белым и жёлтым цветом".
Обоснование символики флага муниципального образования Пекшинское.
До революции деревня Пекша (административный центр сельского поселения) называлась Ям (Пекоцкий Ям) и входила в состав Покровского уезда Владимирской губернии. Ямом назывались почтовые станции, расположенные на трактах.
Флаг муниципального образования Пекшинское составлен на основе герба муниципального образования Пекшинское и повторяет его символику, отражая историю поселения.
Желтый (золотой) рожок - атрибут почтовых ямщиков, символизирует первоначальное предназначение поселения как почтовой станции. Почтовый рожок - символ предупреждения о предстоящих событиях и новостях.
Белая (серебряная) перевязь, проходящая внутри изогнутой части рожка - символ Владимирского тракта, на котором располагалась деревня, а в настоящее время Федеральной автомобильной дороги М-7 "Волга" (Москва - Владимир - Нижний Новгород - Казань - Уфа). Владимирский тракт (аллегорически представленный во флаге широкой полосой) сопровожденный двумя узкими серебряными полосами (пешеходные дорожки) - основной мотив знаменитой картины И. Левитана "Владимирка", написанной художником в 1892 году. Художник жил тогда на отшибе деревни Городок (в дальнейшем слилась с Пекшей).
Разделение поля флага на красное и зеленое - символическое разделение земель поселения на территории, освоенные жителями для жилья и нужд сельского хозяйства и природные леса и луга.
Красный цвет (червлень) - символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника.
Зелёный цвет символизирует природу, весну, здоровье, молодость и надежду.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Авторская группа:
Идея флага: Лидия Колосова (Покров), Татьяна Перегудова, Марина Лапшина (обе - дер. Пекша), Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

Материалы cайта Союза геральдистов России. Текст документа прислан В. Пермяковым