Флаг Парфеньевского района утвержден Решением Собрания депутатов Парфеньевского МР от 7 сентября 2011 года № 60-4 Описание флага:

3.1. Описание флага Парфеньевского муниципального района:
Флаг Парфеньевского муниципального района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3 разделённое на три неравных горизонтальных полосы - белую, голубую и зелёную; белая и голубая разделены линией образующей кресты; на фоне голубой и зелёной полос воспроизведена жёлтая стена с башней и расходящиеся от неё дорогами.
3.2. Обоснование символики флага Парфеньевского муниципального района.
Флаг Парфеньевского муниципального района разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает исторические и географические особенности Парфеньевской земли. Первое письменное упоминание о Парфеньеве относится к 1521 году. На месте деревни Кочево на высоком берегу реки Нея была построена крепость, которая вошла в оборонительный рубеж между Московским государством и Казанским ханством. До XVIII столетия крепость исправно выполняла свою роль. Не раз Парфеньевский край подвергался нападениям татар и черемисов. Изображение крепостного укрепления стало основой флага.
В XVII столетии крепость утратила своё назначение, об этом говорят открытые ворота, которые также символизируют гостеприимство и доброжелательность местных жителей.
Особую роль в жизни региона долгое время играло пересечение Казанского и Ново-Вятского трактов. Парфеньевские дороги, изображённые на флаге, отличались тем, что были вымощены камнями.
Три прорезных креста показывают памятники церковного зодчества - Воскресенская соборная церковь, построенная в 1790 году до сих пор является украшением районного центра.
Белый цвет (серебро) - символ совершенства, благородства, мира и взаимного сотрудничества.
Жёлтый цвет (золото) - символ богатства, постоянства, прочности, силы, великодушия.
Зеленый цвет символизирует жизнь, возрождение, плодородие, здоровье.
Голубой цвет - символизирует истину, честь, великодушие, возвышенность, славу, верность, безупречность.
3.3. Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки),
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково),
художник: Роберт Маланичев (Москва),
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва).

По сообщению В. Пермякова

В Геральдический совет при президенте РФ флаг на экспертизу не подавался.