Флаг Онгудайского района утвержден решением Совета депутатов района (аймака) от 28 декабря 2011 года № 30-7. Согласно тексту Положения о флаге:

"2. Описание ФЛАГА
2.1. Флаг Онгудайского района - это официальный символ района. Он представляет прямоугольное полотнище из трех горизонтальных полос, одинаковой ширины. За основу районного флага взято три цвета ленточек «Кыйра»: верхняя – голубого цвета, средняя - белого, нижняя - желтого. На белой горизонтальной полосе изображение герба района. Грифоны - Кан-Кереде олицетворяющие собой священную солнечную птицу, стерегущую покой и мир, счастье очага жителей района.
Голубой цвет символизирует мир, спокойствие, мудрость и уверенность в завтрашнем дне. На флаге голубая полоса является символом чистоты неба, озер и рек Онгудайского района.
Белый цвет - цвет социального согласия и мира, символ веры, чистоты, истинности и светлости. Его фундаментальное качество - равенство, т.к. заключает в себе все цвета, они в нем равны. Он олицетворяет вечность, полную свободу для возможностей и снятие препятствий.
Желтый цвет - символ духовности, устремления к нравственному совершенствованию и твердости духа. Он символизирует землю - богатство нашего района.

Материалы присланы В. Пермяковым. Рисунок - В. Попоски.

Герб и флаг муниципального образования «Онгудайский район» Республики Алтай утверждены решением 13-й сесии Совета депутатов Онгудайского района 4-го созыва № 13-3 от 24.12.2019 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12849.

"Прямоугольное полотнище голубого цвета с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба муниципального образования «Онгудайский район»: выходящие из-за нижнего и верхнего краев полотнища жёлтые сообращённые мифические птицы Кан-Кереде, держащие вместе в лапах белый круг, в котором изображены чёрный очаг с тремя красными языками пламени и над ними тройная островерхая гора голубого цвета".

Птица Кан-Кереде – исторические мотивы Гора – гора Белуха Очаг – символ отчего дома.

Материалы геральдического архива В.Л.Маркова (г.Санкт-Петербург). Текст документа прислан В. Пермяковым

Решением № 39-2 Совета депутатов района от 5 апреля 2023 года "Об утверждении Положения о гербе и флаге муниципального образования "Онгудайский район" утверждены новые герб и флаг района.

"Флаг муниципального образования «Онгудайский район» представляет собой прямоугольное полотнище голубого цвета с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба муниципального образования «Онгудайский район». Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Материалы геральдического архива В.Л.Маркова (г.Санкт-Петербург)