Флаг Новошимкусского сельского поселения разработан В.Шипуновым и утвержден Решением Собрания депутатов Новошимкусского СП от 28 декабря 2016 года № 11/2. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11528. Описание флага:

Геральдическое описание флага Новошимкусского cельского поселения Яльчикского района Чувашской Республики
Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Новошимкусского сельского поселения в синем, жёлтом и чёрном цветах.

Обоснование символики:
Село Новые Шимкусы (Курнаваш) основано в XVII в. выходцами из с. Шимкусы современного Янтиковского района. Чувашское название села произошло от марийских слов "корно" (дорога) и "вож" (разветвление).
Изображение креста в гербе поселения означает разветвленные дороги. Одновременно золотой крест олицетворяет один из старейших в округе храм Рождества Христова с. Новые Шимкусы и церковь-часовню Покрова Божьей Матери в д. Карабаево, построенную на пожертвования жителей деревни.
Синим цветом обозначены река Малая Була и озеро Белое – памятник природы регионального значения. Особенность этого карстового озера состоит в том, что оно никогда не зарастает.
Семиконечная звезда отражает семь населенных пунктов, входящих в состав территории поселения. Два черных быка обладают многими значениями:
– бык – символ труда, отваги, силы, смелости; для многих тюрко-болгарских и суварских племен был тотемом;
– в годы Великой Отечественной войны и в первые послевоенные годы сельчане использовали для пахоты земли быков, потому что большинство лошадей было отправлено на фронт;
– черный цвет символизирует плодородные черноземы.
Железные боевые рогульки, разбрасываемые на пути наступления вражеской конницы, передают древнюю историю болгаро-чуваш.

Материалы предоставлены В. Шипуновым. Текст документа прислан В. Пермяковым