Флаг сельского поселения Николенское утвержден решением № 3 Совета Николенского сельского поселения Гулькевичского района от 20 марта 2014 года и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 9322.

Описание флага:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Николенского сельского поселения Гулькевичского района в зеленом, синем (голубом) и жёлтом цветах".
Обоснование символики герба и флага.
Николенское сельское поселение расположено между речек 2-ой и 3-ий Зеленчук. В гербе на место расположения поселения аллегорически указывают лазоревые (синие) глава и оконечность. Административный центр поселения - село Николенское получило своё наименование благодаря помещику - землевладельцу Фоме Николенко и его сыновьям, скупавшим земли в окрестностях и активно развивавшие земледелие и сельхозпереработку на юге Кубанской области.
Лазоревый (синий) цвет символизирует безупречность, добродетель, возвышенные устремления, волю, чистое небо.
Золотое поле аллегорически указывает на пшеничные поля.
Золото (жёлтый цвет) - символ величия, достатка и процветания, а также сельского хозяйства.
Зелёная часть поля герба аллегорически указывает на растениеводство, степные просторы, красоту окружающей природы.
Зелёный цвет символизирует жизнь, надежду, здоровье.
Изображение мельничного ветряка указывает на многочисленные мельницы, существовавшие на территории поселения в конце 19 - начале 20 века, а также на достопримечательность села - шестиэтажную ветряную мельницу. Изображение ветряка - символ хлеборобства, переработки сельхозпродукции.
Авторская группа:
идея герба и изображение В. Нагаевский (Тихорецк);
обоснование символики: В. Нагаевский и Н. Нагаевская (Тихорецк).

Материалы предоставлены "Геральдикуму" М.Шаруновым