В 2005 году в составе Наро-Фоминского муниципального района было создано МО "городское поселение Наро-Фоминск". Летом 2017 года МО "Наро-Фоминский муниципальный район" упразднено, создано новое МО "Наро-Фоминский городской округ". Все муниципальные образования в составе муниципального района упразднены. Однако, как административно-территориальная единица район сохранен, города и села в его составе сохранили свой статус.

Флаг муниципального образования "городское поселение Наро-Фоминск" утвержден Решением Совета депутатов г.п. Наро-Фоминск от 23 ноября 2006 года №4/14. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2728. Согласно Положению о флаге:

3. Описание и обоснование символики флага городского поселения Наро-Фоминск
3.1. Описание флага городского поселения Наро-Фоминск:
«Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделённое по горизонтали на три полосы: зелёную – в 5/12, волнистую белую – в 1/6 и красную – в 5/12 ширины полотнища; сквозь белую полосу продеты два жёлтых челнока из герба городского поселения, а посередине красной полосы – жёлтый щит».
3.2. Обоснование символики флага городского поселения Наро-Фоминск.
Флаг городского поселения разработан на основе герба.
Статус города Наро-Фоминску присвоен в 1926 году. Однако его история начинается с упоминания о селе Фоминском, расположенном на берегу реки Нары, в Духовной грамоте Ивана Калиты 1328 года. Село Фоминское играло важную стратегическую и экономическую роль в жизни Московского княжества, находясь на подступах к Москве. Не раз оно становилось преградой на пути иноземных захватчиков. Так было и во время польско-литовской интервенции, и в Отечественную войну 1812 года, и в годы Великой Отечественной войны. В 1976 г. город одним из первых был награжден орденом Отечественной войны I степени.
Заслуги города отражены на флаге золотым воинским щитом и красным полем, символизирующими доблесть и мужество местных жителей, проявленные в борьбе с врагом. Красный цвет - символ отваги, силы, труда, красоты и праздника.
С 1946 года на территории города Наро-Фоминска располагается прославленная гвардейская Кантемировская танковая дивизия, символ которой – дубовые листья – нашёл отражение на флаге городского поселения.
Белая волнистая полоса показывает реку Нару, на берегах которой в середине XIX столетия была основана крупная прядильно-ткацкая фабрика, ставшая градообразующим предприятием. На флаге об этом событии говорят два ткацких челнока, продетых сквозь белую полосу.
Зеленый цвет на флаге - символ природы, здоровья, жизненного роста - символизирует природу, окружающую город. Зеленый цвет, который также присутствует на флаге района, аллегорически показывает культурную, историческую и экономическую общность двух муниципальных образований - Наро-Фоминского муниципального района и городского поселения Наро-Фоминск.
Жёлтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, уважения и интеллекта.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
3.3. Авторская группа:
идея флага: Анатолий Шкурков (Наро-Фоминск), Владимир Юрьев (Наро-Фоминск), Константин Моченов (Химки),
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва),
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

Материалы cправочной правовой базы "Гарант"