Флаг МО "Мушаковское" утверждён Решением Совета депутатов МО "Мушаковское" от 16 апреля 2014 года №93. Авторы флага: идея герба: Виктор Горбунов (Мушак), Юрий Лобанов (Ижевск), художник и обоснование символики Юрий Лобанов (Ижевск).

" Флаг МО "Мушаковское" представляет собой прямоугольное полотнище с изображением герба МО "Мушаковское". Соотношение ширины флага к длине - 2:3. На флаге в пересечённом лазурью и зеленой финифтью наподобие возникающего снизу холма поле серебряный вырубной крест в центре на вершине холма в круговом крестообразном сопровождении четырех золотых пчел.

Авторское описание символики:

"Пчела – исключительный по распространённости и широте значений животный символ. На восприятие которого в первую очередь влияют «общественное» устройство пчелиного роя и роль продуктов пчеловодства в жизни человека.
Пчела является одним из детерминантов, маркеров финно-угорского этно-культурного сообщества. Пчёлы традиционно ассоциируются с трудолюбием, дружной жизнью, большим числом. Это напоминает образ идеально организованного общественного устройства – семьи. Этот образ очень актуален для всех жителей муниципального образования. Многие территории оьластного, районного значения имеют гербы с образами пчёл. Чтобы не быть похожими на другие территории, композиция герба и флага МО «Мушаковское» имеет в основе своей образ Мировой горы и Мирового дерева. На эскизах флага и герба круговое сопровождение серебряного вырубного креста золотыми пчёлами образно воспринимается и как Мировое древо. Вырубной крест – это «Шудо кизили» – Счастливая звезда, оберег местности, которая восходит над горой Тау. Пчела связана с образом Мирового дерева (с мировым деревом в целом, с его верхней зоной — кроной, стволом как соответствием среднего, земного мира) и небом, что отражается её частым эпитетом «божья».
А местная гора Тау навеяна легендами и преданиями населения сельского поселения. Мифологические функции горы многообразны. Гора выступает в качестве наиболее распространенного варианта трансформации древа мирового. Гора часто воспринимается как образ мира, модель Вселенной, в которой отражены все основные элементы и параметры космического устройства. Гора находится в центре мира — там, где проходит его ось.

По сообщению Ю.Лобанова

Флаг Мушаковского МО внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №9531.