Флаг Мугудайского наслега утвержден Решением Наслежного Совета "Мугудайский наслег" № 9 от 5 июня 2013 года. Решением Наслежного совета от 30 октября 2013 года №12 решение от 5.06.2013 г. внесены некоторые непринципиальные изменения.

Горизонтальная полоса обозначает федеральную трассу «Колыма», проходящую по территории наслега. Четырехлистник показывает четыре первых колхоза, которые образовали единый наслег. Под четырехлистником листья, означающие рассвет и надежду на будущее. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №9412.

Источник - сообщение В.Пермякова.