Флаг Морского сельсовета утверждён решением 29-й сессии Совета депутатов Морского сельсовета Новосибирского района Новосибирской области № 11 от 23 июня 2023 года. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под № 14860. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище, состоящее из полос синего и желтого цветов, с изображением белой рыбы и белой летящей чайки сообразно гербу Морского сельсовета. Отношение ширины флага к его длине 2:3".

Рыба (судак) и чайка подчеривают "морской характер" муниципального образования.

Материалы геральдического архива В. Маркова