Флаг района утверждён Решением Собрания депутатов МО "Моркинский муниципальный район" Республики Марий Эл от 21 июня 2006 года (№52 "О флаге муниципального образования "Моркинский муниципальный район"). Согласно тексту утвержденного тогда же Положения о флаге:

"Глава 2. Флаг муниципального образования "Моркинский муниципальный район"
2.1. Флаг муниципального образования "Моркинский муниципальный район" представляет собой прямоугольное полотнище соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее смещенную влево композицию герба района: в серповидно рассеченном зеленью и белым поле - сидящая справа желтая белка с красными глазами, когтями и с желтой шишкой в лапах; зазубрено - гамированная оконечность рассечена белым и красным.
Многоцветный рисунок флага муниципального образования "Моркинский муниципальный район" помещен в приложении к настоящему Положению".

Решением Геральдического Совета при Президенте Республики Марий Эл флаг муниципального образования "Моркинский муниципальный район" зарегистрирован 3 июля 2006 года под номером 3.25.

Флаг разработан главным герольдмейстером при Президенте Республики Марий Эл И.В.Ефимовым.

Материалы предоставлены М.В.Ревнивцевым со ссылкой на справочную правовую систему "Гарант". Рисунок флага с сайта правительства Марий Эл - http://mari-el.gov.ru/morki/Pages/symbols.aspx