Муниципальное образование упразднено в 2019 году в связи с преобразованием Ленинского муниципального района в Ленинский городской округ.

Флаг Молоковского утвержден решением Совета депутатов сельского поселения Молоковское от 20 апреля 2009 года № 10 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 4968. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, составленное их четырех горизонтальных полос: красной, зеленой, желтой и голубой (в соотношении 8:1:1:2), воспроизводящее в середине изображение белого восстающего коня, сопровожденное в крыже желтой пятилучевой звездой".

Обоснование символики флага сельского поселения Молоковское .
На территории поселения Молоковское в XV веке располагались земли составлявшие вотчину московских князей (село Остров). Позднее эти земли отошли к графу А.Г. Орлову, который устроил здесь большой конный завод. После одной своей заграничной поездки граф Орлов привез несколько арабских лошадей, из которых своей красотой и грацией выделялся серебристо-белый жеребец Сметанка, изображенный на флаге поселения. Символика коня многозначна:
- символ трудолюбия и выносливости, плодовитости, материнской любви;
- символ аристократизма и рыцарства, свободы;
- символ верности; триумфа, героизма и победы;
- символ здоровья, смелости, силы, физической и умственной энергии, скорости, интеллекта.
Пятиконечная звезда (аналог "Золотой Звезды" Героя СССР) в гербе поселения аллегорически символизирует одного из первых героев Советского Союза прославленного полярного летчика Василия Сергеевича Молокова, именем которого и названо поселение и его административный центр, бывшее село Ирининское, в котором родился герой.
Лазурная оконечность - символ реки Москвы и речки Пехорька, на берегах которых раскинулись земли поселения. Высокие обрывистые берега этих рек так же отражены в гербе поселения.
Красный цвет - символ труда, жизнеутверждающей силы и красоты, праздника, мужества.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, надежду.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Голубой цвет (лазурь) - символ чести, благородства, духовности и возвышенных устремлений.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, ясности, открытости.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

По материалам сайта "Союза геральдистов России". Текст документа предоставлен В. Марковым.