До 2021 года существовало муниципальное образование "Мокроусовский район" (муниципальный район), в 2021 году оно преобразовано в Мокроусовский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Мокроусовский район сохранен.

Первый флаг Мокроусовского района утвержден Решением Мокроусовской районной Думы от 19 мая 2008 года №31 "О флаге муниципального образования Мокроусовского района Курганской области". Описание флага:

"Флаг Мокроусовского района представляет собой прямоугольное полотнище, ширина и длина которого соотносятся как 2:3, разделенное по горизонтали на три равновеликие полосы (сверху вниз) красного, изумрудного (зеленого) и голубого цветов. В крыже флага (в верхнем углу полотнища у древка) на красной полосе изображение типичной сторожевой башни желтого цвета. Данная эмблема (сторожевая башня) представляет собой строение с основанием 2/9 длины флага и высотой 1/6 его ширины. Эмблема отстоит от древка на 1/9 длины флага, а от верхней кромки полотнища – на 1/9 его ширины. Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны".

По материалам "Википедии". Рисунок - реконструкция "Вексиллографии"

Затем было Решение Мокроусовской районной Думы от 30 сентября 2008 года №55 "О флаге муниципального образования Мокроусовского района Курганской области".

"Флаг Мокроусовского района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Мокроусовского района в красном, синем и жёлтом цветах".
Два пшеничных колоса обозначают двукратное создание Мокроусовского района (1924 год, 1965 год).
Лавровая ветвь и золотая пятилучевая звезда обозначают память о семнадцати воинских захоронениях времён гражданской войны (на территории района в годы гражданской войны проходили ожесточенные бои Красной армии с армией адмирала Колчака).
Острог (в виде рубленой двухъярусной башни со шпилем, с отходящим в обе стороны от неё частоколом) символизирует первое русское поселение на территории района, Мало-Кызацкий форпост.
Изображение рыбы, местного карася, символизирует об озёрном, рыбном крае".

Решение от 30.09.2008 г. признано утратившим силу в январе 2009 года.

По материалам "Википедии"

Флаг Мокроусовского района и Положение о нём утверждены Решением Мокроусовской районной Думы от 30 января 2009 года №1 "О флаге муниципального образования Мокроусовского района Курганской области". Согласно тексту Положения о флаге:

"Статья 2.
2.1.Флаг Мокроусовского района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Мокроусовского района в красном, синем и желтом цветах.
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.
2.2. Толкование символики флага:
- символика флага района воспроизводит символику герба района. Два пшеничных колоса обозначают двукратное создание Мокроусовского района (1924 год, 1965 год).
- лавровая ветвь обозначает память о семнадцати воинских захоронениях времен гражданской войны (на территории района в годы гражданской войны проходили ожесточенные бои Красной армии с армией адмирала Колчака).
- острог (в виде рубленой двухъярусной башни со шпилем с отходящим в обе стороны от нее частоколом) символизирует первое русское поселение на территории района, Мало-Кызацкий форпост.
- изображение рыбы, местного карася символизирует об озерном, рыбном крае.
2.3. Изображение флага района дано в Приложении 1 к настоящему Положению и являются его неотъемлемой частью".

По материалам "Официальной страницы Мокроусовского района"

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №4667.