Флаг Минусинского района утвержден решением Минусинского районного Совета депутатов от 18 декабря 2013 года №239-рс и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №9136.

"Описание флага:
"Прямоугольное двухстороннее полотнище синего цвета с отношением ширины к длине 2:3, с белой полосой вдоль верхнего края в 1/4 ширины полотнища, с изображением фигур из герба Минусинского района, выполненные желтым, белым, черным и синим цветом".
Обоснование символики флага Минусинского района.
Флаг Минусинского района разработан на основе герба Минусинского района, символика которого многозначна.
Золотой конь - фигура исторического герба города Минусинска, Высочайше утвержденного 19 ноября 1854 года: "Щит пересечен, в верхнем поле герб Красноярска, в нижнем на лазуревом поле золотой конь"
Конь - гордое, красивое животное, незаменимый помощник человека во всех его делах, символ широких просторов, где паслись стада Минусинского конезавода.
Горностаевая глава с луком - символизирует то, что Минусинская земля входила в состав Царства Сибирского, в эмблеме и гербе которого есть эти фигуры.
В геральдике горностай - символ власти и благородства.
Синее (лазоревое) поле символизирует красоту и привлекательность Минусинской котловины для жителей Сибири во все времена. Здесь, благодаря необычному микроклимату, успешно выращивают виноград, арбузы, абрикосы и другие южные ягоды и фрукты.
Лазурь - символ чести, благородства, духовных устремлений.
Золото - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Серебро - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Авторская группа:
идея флага и обоснование символики: Владимир Дюков (Красноярск), Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва).

Источник - cайт Союза геральдистов России

Решением Минусинского районного совета депутатов от 25 марта 2015 года № 290-рс в решение о гербе и флаге (2013 г.) внесены изменения касательно правил использования герба.