Флаг муниципального образования Машуковский сельсовет утверждён решением Машуковского сельского Совета депутатов от 21 марта 2023 года № 60. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14257. Описание флага:

"Прямоугольное зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Машуковского сельсовета выполненные синим, желтым и белым цветами. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага Машуковского сельсовета.
Флаг Машуковского сельсовета составлен на основе герба Машуковского сельсовета и повторяет его символику.
Муниципальное образование Машуковский сельсовет Мотыгинского муниципального района с богатой природой, рекой, природными ресурсами в недрах земли - основа современного и будущего её территории и по праву считается жемчужиной Мотыгинского муниципального района Красноярского края, расположенной в самом центре Сибири в нижнем течении реки Ангара, на реке Тасеева. Наиболее древним селом в поселении значится деревня Михалево, основанное в 1654 году, в 1690 году образовалась деревня Устье, где принимали с дальнейшей отправкой соль с Троицкого соляного завода. Поселок Машуковка значится с 1768 года, но основное развитие получил в 1935 году, куда были поселены ссыльные с Читинской области, на заготовку древесины.
Зеленое поле герба символизирует лесные богатства муниципального образования. Запасы хвойной древесины и дикоросов (ягоды, грибы, кедровый орех), птицы и дичи – основной возобновляемый ресурс и основа экономики.
Освоение территории шло вдоль реки Тасеевой, которая была основной транспортной артерией для молевого сплава леса, поэтому все населенные пункты построены на берегах реки Тасеева, в гербе на это указывает лазоревая оконечность. Водные ресурсы реки Тасеева – это и транспортные магистрали, обеспечивающие пассажирские перевозки и транспортировку грузов, и богатые рыбой водоемы, и источник лечебных вод.
Глухарь – символ мудрости, осторожности, процветания и благополучия, который хранит здоровье человека и отпугивает от него злых духов.
Топор и осетр символически указывают на основной вид деятельности местных жителей – заготовку древесины, и рыболовство.
Динамичная композиция стоящего глухаря на топоре – аллегория сплава древесины по реке, где белое (серебряное) лезвие топора выступает как парус.
Осетр по праву считается главной добычей жителей в богатой всеми видами рыб в реке Тасеева.
Примененные во флаге цвета и металлы дополняют его символику:
синий цвет (лазурь) – символ обширных водных пространств территории, его реки с притоками и озер, также, символ чести, истины, возвышенных устремлений, возрождения;
зеленый цвет - символ плодородия, весны, надежды и здоровья;
желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая;
белый цвет (серебро) - символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира и взаимного сотрудничества.

Авторская группа:
идея флага и обоснование символики: Николай Тварадзе, Надежда Ерохина (оба – пос. Машуковка);
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва).

По информации К. Моченова