Флаг Мариинского СП утверждён Решением Совета депутатов Мариинского сельского поселения от 8 февраля 2021 года № 109. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13501.

9.1. Флаг Мариинского сельского поселения представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на которым изображены фигуры из герба муниципального образования, выполненные в голубом, зелёном, белом и жёлтом цветах.
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.
9.2. Флаг составлен на основе герба муниципального образования и повторяет его символику.

Обоснование символики герба Мариинского сельского поселения (для справки):
"Герб Мариинского сельского поселения языком аллегорий символизирует исторические и природные особенности муниципального образования, состоящего из двух сел – Мариинское и Мариинский рейд.
Село Мариинское (административный центр муниципального образования) – одно из старейших русских сел на Нижнем Амуре. Мариинский пост был одним опорных пунктов России на Нижнем Амуре, вторым по величине и значению за Николаевским постом. Появление Мариинского в 1853 г. на карте Приамурья связано с деятельностью Амурской экспедиции адмирала Г.И. Невельского и его сподвижников. Сотрудники Амурской экспедиции, достигшие стойбища Кизи, определенного как место для постройки поста и зимовки для экспедиции по предписанию Г.И. Невельского, и были первыми поселенцами.
В 1855-1861 гг. поселение под названием Мариинск имело статус города, и тогда здесь располагались ставка генерал-губернатора Восточной Сибири Н.Н. Муравьева и главная квартира штаба Амурских войск.
Во время Крымской войны в 1855 г. Мариинский пост как тыловая военная база имел большое значение в обороне бухты Де-Кастри от англо-французского десанта. Тогда же здесь состоялись официальные российско-китайские переговоры по пограничным вопросам, в т.ч. по определению российско-китайской границы. После окончания Крымской войны Мариинский пост из военного поселения постепенно становится гражданским, но воинские части оставались в селении вплоть до начала Первой мировой войны. Уже в советское время возле Мариинского располагались воинские части ПВО.
В 1929 г. в селе создается лётная организация, а в 1938-1941 гг. был построен аэродром (с 1948 г. – аэропорт), использовавшийся как в гражданских, так и военных целях. Лёт (с двумя крыльями) символизирует в гербе роль лётного дела в истории Мариинского.
В 1978 г., в честь 125–летия основания Мариинского, на берегу Амура был установлен памятный знак «Паруса». Этот монумент, как собирательный образ значимой роли Мариинского в истории нашей страны, в гербе изображает треугольник, разделенный на две части наподобие парусов. Пушки в гербе также символизируют роль Мариинского в обеспечении обороны нашей страны как в Крымскую войну, так и в советское время.
Лазоревый цвет поля и волнообразная оконечность символически отражают расположение муниципального образования на реке Амур, Мариинской протоке и озере Б. Кизи.
Применённые в гербе цвета в геральдике обозначают:
– Синий, голубой цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности и добродетели, а также цвет водных пространств – рек, озер и морей.
– Зеленый цветь (зелень) – цвет весны, надежды и лесов.
– Белый цвет (cеребро) – символ совершенства, благородства, чистоты, веры и мира.
– Желтый цвет (золото) – знак богатства и благополучия;

По информации В. Пермякова