Флаг Малоземельского сельсовета утвержден решением Совета депутатов МО "Малоземельский сельсовет" от 2 марта 2011 года № 114 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6725.

2. Геральдическое описание и обоснование символики флага муниципального образования
2.1. Геральдическое описание флага муниципального образования:
«В лазоревом поле над таковой же узкой оконечностью, выщербленной, окаймленной серебром и обремененной двумя сообращенными серебряными нельмами - стоящий и обернувшийся серебряный северный олень, сопровожденный вверху слева золотым безантом и над ним чуть левее летящая прямо серебряная чайка».
2.2. Обоснование символики флага муниципального образования.
Центр муниципального образования «Малоземельский сельсовет» Ненецкого автономного округа – оленеводческий поселок Нельмин-Нос расположен в районе Малоземельской тундры, расположенной в основном за Полярным кругом и пригодной для оленеводства. Многочисленные речки и озера благоприятны для рыболовства.
Существует местное предание, связанное с названием поселка оседлости местных оленеводов, возникшего в этих местах в 1937 г. В нем говорится об упущенной рыбаками нельме (рыбе семейства сиговых), которая, выскользнув из рук, показала на прощание неудачливым рыбакам свой нос.
Все эти особенности легли в основу герба муниципального образования.
Стоящий северный олень и две нельмы – символы основных видов промысла местного населения: оленеводства и рыболовства.
Безант (золотой круг) – символ полярного солнца, дарящего летом тепло и пробуждающего все силы природы. Безант-солнце – символ тепла, богатства недр, символ удачи и радости.
Чайка, летящая выше солнца – символ многих пернатых, успевающих за короткое полярное лето вывести потомство и поставить его на крыло. Чайка – символ красоты, полета, ожидания.
Лазурь – символ всех местных водных ресурсов, а также символ чести, благородства, духовности и возвышенных устремлений.
Золото – символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
Серебро – символ чистоты, ясности, открытости, божественной мудрости, примирения.
2.3. Авторская группа:
идея герба: Талеева Анастасия Егоровна (пос. Нельмин Нос);
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
компьютерный дизайн: Ирина Соколова (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

Решением Совета депутатов МО "Малоземельский сельсовет" от 12 сентября 2011 года №131 в Решение от 2.03.2011 г. о флаге МО внесены изменения: по-новому изложен п.2.1.

"2.1. Геральдическое описание флага муниципального образования:
"Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображения фигур из герба муниципального образования «Малоземельский сельсовет» Ненецкого автономного округа: стоящий над белой выщербленной узкой полосой (ширина полосы 1/20 ширины полотнища) и обернувшийся белый северный олень, сопровожденный вверху справа желтым кругом (безантом), над ним чуть левее летящая прямо белая чайка. А под полоской – двух, плывущих друг другу навстречу белых нельм".

Материалы сайта Союза геральдистов России и базы нормативных документов Минюста