До 2020 года существовало муниципальное образование "Макушинский район" (муниципальный район), в 2020 году оно преобразовано в Макушинский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Макушинский район сохранен.

Флаг Макушинского района утвержден решением Макушинской районной Думы от 15 марта 2019 года № 120 "Об официальных символах (гербе и флаге) муниципального образования Макушинский район Курганской области" и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 12274. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба Макушинского района, выполненные зеленым, синим белым и желтым цветом. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики:
Флаг Макушинского района создан на основе герба Макушинского района и повторяет его символику.
В основу композиции флага положены географические и богатые природные особенности Макушинского муниципального района.
Волнистое деление флага на зеленый и синий (лазоревый) цвета аллегорически показывает основную отрасль экономики района - сельскохозяйственное производство (выращивание хлеба, производство мясо и переработку сельскохозяйственной продукции), а также многочисленные озера, богатые рыбой, где основной торговой маркой района является карась.
Зеленые и синие (лазоревые) части флага тонко разделены белым цветом (серебром), образующим геральдическую фигуру - волнистый двойной крест. Плечи креста символизирует две основные магистрали, проходящие по Макушинскому району: с востока на запад - автомобильную и железнодорожную и пересекаемые с севера на юг автодорогой Казаркино-Сетовное, проходящей через районный центр город Макушино.
Каравай, как хлеб – символ богатого урожая и достатка, символ красоты конечного результата труда сельчан. Каравай с солонкой – традиционный символ гостеприимства и доброжелательности.
Примененные цвета дополняют символику флага:
лазурь (синий цвет) – символ постоянства и возрождения.
золото (желтый цвет) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
серебро (белый цвет)– символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки) при участии Виктора Шмырева (Салехард);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Марина Кретова (Москва).

Источник - сайт Союза геральдистов России. Текст документа предоставлен В. Пермяковым