Символика кожууна утверждена Решением Хурала представителей муниципального района "Кызылский кожуун" № 33 от 24 декабря 2014 года

Прямоугольное лазурное (голубое, синее) полотнище с отношением ширины к длине 1:2, в левом верхнем углу на расстоянии одной четверти длины флага от древка изображены золотой с названием кожууна и внутренним изображением реки, угля с экскаватором , головы барана.
Обоснование официальной символики
Синий цвет поля символизирует вечно голубое небо родной Тувы, таёжный чистый воздух. Это любовь к родной земле, мир и возвышенные устремления.
Стилизованный орнамент в виде кольца в верхней части означает богатство и разнообразие растительного мира, как символ гостеприимства нашего народа, полную чашу, божественное сияние величия, богатства урожая и прочности.
Серебряные рога барана означают символ благодати и сытости. Издревле тувинская пословица гласит: «Кто имеет овец, тот богато одет, а кто имеет коров, тот всегда сыт».
История нашего кожууна неразрывно связана с производством добычи угля. Уголь как символ тепла и вечности бытия.
Серебряные волнистые полосы образно передает прозрачную чистую речку «Серебрянка», и реку Каа-Хем – начала могучей реки Енисей.

По сообщению В. Маркова

Решением Хурала представителей муниципального района "Кызылский кожуун" № 20 от 22 июля 2015 года версия герба 2014 года была отменена и утверждены новые герб и флаг.

Описание Герба и ФЛАГА
...
2.2. Описание Флага: «Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух, разделённых по диагонали сверху от древка, частей: голубого цвета (у древка) и красного цвета, в центре которого – проволочная подвеска белого цвета, напоминающая очертанием голову тура, расположенную прямо, ниже которой квадрат чёрного цвета с каймой белого цвета».
2.3. Толкование Герба и ФЛАГА:
Скошение поля указывает на разделение района на два анклава; красный цвет – гласный элемент («Кызылский кожуун» – переводится с тувинского на русский как «Красный район»); чёрный квадрат – напоминание об угольных разработках на территории района, окаймление квадрата – символ пристоличного расположения района; турья голова – указание на крупную роль животноводства в районном хозяйстве.

По сообщениям Б. Вольфова и В. Пермякова

Флаг кожууна внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 10505.