Флаг городского поселения "Кокуйское" утвержден решением Совета городского поселения «Кокуйское» от 20.12.2022 г. №82-НПА и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 14119.

Описание флага городского поселения «Кокуйское» гласит:
«Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из равновеликих синей и белой частей, разграниченных линией, исходящей от верхнего угла свободного края к нижнему углу у древка, и воспроизводящее фигуры из герба городского поселения «Кокуйское», выполненные в синем и белом цвете. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую».

Обоснование символики флага городского поселения «Кокуйское».
Флаг городского поселения «Кокуйское» составлен на основе герба городского поселения «Кокуйское».
Городское поселение «Кокуйское» (поселок городского типа Кокуй) расположено на левом берегу реки Шилки в 12 км от города Сретенска, входит в состав муниципального района «Сретенский район» Забайкальского края.
Во флаге городского поселения «Кокуйское» языком геральдических символов многозначно отражена его история, природные ресурсы и основное занятие населения. Как селение Кокуй был основан в начале XVIII века крестьянами, приписанными к Нерчинскому серебро-плавильному заводу, на что указывает белая (серебряная) часть полотнища.
Цепь (якорная) является центральной фигурой флага - она отражает крепкие узы и связь с родной землей жителей поселения. Якорная цепь и судовой винт символизируют историю с времен, когда Кокуй служил в качестве родоначальника Амурской флотилии, судоверфи и пристани. Цепь переменного цвета – аллегорически символизирует то, что корабли со стапелей Сретенского судостроительного завода (ССЗ), расположенных на берегу, спускаются на воду. Три звена цепи аллегорически характеризуют судостроительную отрасль поселения, его инфраструктуру и ветку Транссиба, проходящую через железнодорожную станцию Кокуй.
Летящая чайка – символ развития, будущности и экономической перспективы поселка Кокуй. Как представитель животного мира окрестностей поселка, она указывает на географическое положение поселения и окружающие природные ресурсы.
Лазоревый пояс на серебре символизируют водные богатства и красоты региона – реку Шилку и ее притоки, глубокий фарватер для прохождения судов. Скошенное деление полотнища символизирует гористый рельеф местности.
На символику флага распространяется геральдическое значение цветов:
Серебро (белый цвет) – символ чистоты, открытости, мудрости, примирения.
Лазурь (синий цвет) – символ верности и справедливости, красоты, благородства, любви к Родине, гордости и славы.
Основой символики стала эмблема (фирменный «товарный знак» ССЗ - чайка-цепь-волны), известная с 1963 года, составленная работником завода Николаем Федосьевичем Милонадисом.
Все это явилось отражением в символике сельского поселения, которая вписана в его исторический контекст, показывает бережное отношение жителей поселка к своему прошлому, верность национальным традициям, сохранение преемственности многих поколений и перспективу развития будущего.
Авторская группа:
идея флага: администрация городского поселения «Кокуйское», Наталья Пыхалова, Евгений Вологдин, Константин Простакишин (все п.Кокуй); Виктор Волошин (Комсомольск-на-Амуре); Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова(Москва);
обоснование символики: Ирина Куренная (Чита).

По информации К.Мочёнова