Флаг Кокшамарского с.п. утвержден Решением Собрания депутатов МО "Кокшамарское с.п." от 9 ноября 2012 года №139. Согласно тексту Положения о флаге:

"Флаг муниципального образования «Кокшамарское сельское поселение» представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из синей и зеленой равновеликих вертикальных полос, на котором желтым цветом изображены фигуры из герба МО «Кокшамарское сельское поселение»: в центре - марийские гусли с сообращенно сидящими на них двумя поющими соловьями, а вдоль верхней кромки полотнища - пять пар цветков липы".

По сообщению Б.Вольфова со ссылкой на http://admzven.ru/kokshamary/node/7196

Флаг СП внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 8045.