Сельское поселение Клишинское входило в состав Озёрского муниципального района. В 2015 году все муниципальные образования в составе района упразднены и создан "городской округ Озёры". Соответственно с 2015 года не действует и бывшая символика СП Клишинское.

Флаг Клишинского СП утвержден решением Совета депутатов сельского поселения Клишинское от 25 декабря 2009 года №02/04. Согласно тексту Положения:

"2. Геральдическое описание и обоснование символики флага сельского поселения Клишинское
2.1. Описание флага сельского поселения Клишинское:
«Прямоугольное полотнище, с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух вертикальных полос: красной, шириной 1/4 длины полотнища, и части, состоящей из пяти горизонтальных полос различной формы и величины. Горизонтальные полосы – зеленая, фигурная желтая, в виде стилизованной цепи, отверстия которой заполнены зеленым цветом (диаметр кольца – 3/10 ширины полотнища, от верхнего края до середины цепи – 1/3 ширины полотнища) и далее равные по ширине голубая, белая и голубая, разделенные линиями, повторяющими нижний контур цепи».
2.2. Обоснование символики флага сельского поселения Клишинское.
Основной достопримечательностью сельского поселения Клишинское является известный на всю округу понтонный мост (на гербе поселения представлен цепью из пяти золотых колец) через реку Оку (символически изображенную в гербе волнистым серебряным поясом на лазурном поле), протекающую вдоль территории поселения. Этот мост, построенный в 1892 году инженером Китаевым, лишил немалых доходов паромных перевозчиков, работавших на реке, и вокруг него разгорелась нешуточная борьба, стоившая 22 сентября 1895 года жизни многим крестьянам. Но и в настоящее время этот понтонный мост (конечно, усовершенствованный и осовремененный) решает многие транспортные проблемы местного населения.
Волны на флаге сельского поселения Клишинское подобны волнам в гербе Озёрского муниципального района, указывая на единство и тесную взаимосвязь поселения и района.
Красная вертикальная полоса символически указывает на территориальную принадлежность поселения Московской области, поскольку во времена первого строительства понтонного моста село Клишино относилось к Рязанской губернии. Красный цвет – символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника.
Зеленый цвет отражает сельскохозяйственную направленность жизнедеятельности поселения и символизирует весну, здоровье, природу, надежду.
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, ясности, открытости, божественной мудрости, примирения.
2.3. Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки), Сергей Янов (Малаховка);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

Использованы материалы справочной правовой базы "Гарант". Рисунок - реконструкция "Вексиллографии" по описанию

По данным В. Маркова уже согласно решению от 25.12.2009 года флаг не имел красной полосы вдоль древка.

"Полотнище, состоящее из пяти горизонтальных полос различной формы и величины. Горизонтальные полосы – зеленая, фигурная желтая, в виде стилизованной цепи, отверстия которой заполнены зеленым цветом (диаметр кольца – 3/10 ширины полотнища, от верхнего края до середины цепи – 1/3 ширины полотнища) и далее равные по ширине голубая, белая и голубая, разделенные линиями, повторяющими нижний контур цепи.

Материалы геральдического архива В. Маркова

Видимо, по рекомендации геральдического Совета при президенте РФ красная полоса была удалена из флага, цепь несколько увеличена в размере. Окончательная редакция флага утверждена Решением Совета депутатов СП Клишинское № 02/11 от 29.09.2010 г. (а решение 2009 года отменено решением № 07/10 от 29 сентября 2010 года) и внесена в Государственный геральдический регистр РФ под № 6474. Описание флага:

"Полотнище, состоящее из пяти горизонтальных полос различной формы и величины. Горизонтальные полосы — зелёная, фигурная жёлтая в виде стилизованной цепи из пяти колец, отверстия которых заполнены зелёным цветом (диаметр кольца — 3/10 ширины полотнища, от верхнего края до середины цепи — 2/5 ширины полотнища) и далее равные по ширине голубая, белая и голубая, разделённые линиями, повторяющими нижний контур цепи".

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России и справочной правовой базы "Гарант"