Флаг и герб муниципального образования сельское поселение Карлыхановский сельсовет утверждены решением Совета сельского поселения Карлыхановский сельсовет муниципального района Белокатайский район Республики Башкортостан № 278 от 19.04.2023 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14308. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище зеленого цвета с соотношением сторон 2:3, на котором воспроизведена композиция фигур из герба муниципального образования, выполненная белым, желтым, черным и красным цветами".

Ель символизирует лесозаготовки, пчелы и соты – пчеловодство, медведь – местную фауну, а рушники (полотенца) – ткачество.

Материалы геральдического архива В. Маркова. Фото свидетельства предоставлено И. Афонасенко