Флаг утвержден решением Совета народных депутатов Карачунского сельского поселения от 16 мая 2014 года за № 156. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 9464 и в регистр геральдической комиссии при губернаторе Воронежской области под № 158.

Описание флага: "Прямоугольное двухстороннее полотнище зеленого цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее по всему полотнищу желтый узкий крест, ширина плеч которого равна 3/20 ширины полотнища. В центре полотнища, поверх креста, изображены фигуры из герба Карачунского сельского поселения: желтый венок из колосьев и дубовых веток, переплетенный внизу лентой с шестью ленточками, а в белой сердцевине венка изображен красный кувшин без ручек с высоким горлышком".
Обоснование символики флага Карачунского сельского поселения:
Карачун - село, центр Карачунского сельского поселения, расположено на правом берегу реки Воронеж, в 15 км от райцентра поселка Рамонь. В состав поселения входят села Карачун, Глушицы, Пекшево, Сенное, деревни Писаревка и Ситное. Карачун возник как поселение у монастыря. Примерная точная дата основания Карачунского монастыря и села Карачун - около 1595 года. Карачун издавна славился кустарным гончарным промыслом, который являлся дополнением к основному занятию крестьян - земледелию. Гончары Карачуна, снабжали своими изделиями Воронежские, Задонские и Елецкие рынки. В 1937 году была организована артель "Коминтерна", гончарный цех которой находился в селе Карачун. Глину для производства брали из расположенных поблизости залежей красной глины. Символика герба Карачунского сельского поселения многозначна, поскольку отражает его прошлое и настоящее:
- зеленый цвет полотнища - символически отражает поля и луга поселения, а также постоянную надежду жителей на лучшую долю;
- венок из колосьев и дубовых листьев - символ дружбы живущих в поселении представителей многих национальностей, а также значительных достижений в выращивании урожаев зерновых культур и в сохранении лесных угодий. Шесть ленточек завершающих венок - соответствуют числу населенных пунктов. Составляющих единое поселение;
- кувшин - символизирует гончарный промысел жителей поселения в прошлом и возможности его возрождения в будущем. Красный цвет кувшина указывает на залежи соответствующих глин;
- узкий крест - символ двух церквей, расположенных на территории поселения (Владимировская церковь в селе Карачун и церковь Архангела Михаила в селе Сенное). Крест - символ духовности, подвижничества, веры.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Красный цвет (червлень) - символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника.
Авторская группа:
идея: Валентин Тарасенко (с. Карачун); геральдическая доработка: Константин Фёдорович Мочёнов (Химки);
художник и компьютерный дизайн:Анна Луисовна Гарсия (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Васильевич Мишин (Химки).

По сообщению А.Юрасова (г.Воронеж)