Флаг Карабай-Шемуршинского сельского поселения утвержден Решением собрания депутатов Карабай-Шемуршинского сельского поселения от 28 марта 2017 года № 7 "О флаге Карабай-Шемуршинского сельского поселения Шемуршинского района Чувашской Республики" . Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11406.

2.1. Описание флага Карабай-Шемуршинского сельского поселения гласит:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуру из герба Карабай-Шемуршинского сельского поселения, выполненные в желтом, зеленом и синем цвете».
...
2.3. Обоснование символики флага Карабай-Шемуршинского сельского поселения.
Флаг Карабай-Шемуршинского сельского поселения на основе герба Карабай-Шемуршинского сельского поселения и повторяет его символику.
В состав Карабай-Шемуршинского сельского поселения входят две деревни: Карабай Шемурша и Новое Буяново, которые аллегорически показаны двумя сообращенными глухарями.
Глухарь – обитатель леса, которых в окрестностях поселения водится много. Лес символически показан елевидным делением верхней части флага.
Синей волнистой полосой внизу флага символически показана река Карла, на берегах которой в былые времена были установлены три водяные мельницы, символически показанные мельничным колесом.
Мельница - символ преобразования, символ смирения, укрощения стихии на благо людей.
Применённые во флаге цвета символизируют:
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Синий цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
2.4. Авторская группа.
Идея флага, обоснование символики и художник: Мидхат Шакиров (д.Долгий Остров)
Компьютерный дизайн: Радия Чуварова (с.Батырево)
Геральдическая консультация: Константин Моченов (Химки).

По сообщению В. Пермякова