Флаг Кандалакшского района утвержден Решением Совета депутатов МО от 26 декабря 2013 года №188.

2.1. Описание флага Кандалакшского района:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух полос голубого и красного цвета с шириной каждой части в отношении 4:3. В центре полотнища изображены белым и серым цветом две башни с остроконечными кровлями и с аркой между ними, кровля которой завершена церковной главкой под четырехконечным крестом; над церковной главкой изображено северное сияние в виде желтых лучей (все фигуры из герба Кандалакшского района)».
2.2. Рисунок флага Кандалакшского района приводится в приложении, являющемся неотъемлемой частью настоящего Положения.
2.3. Обоснование символики флага Кандалакшского района.
Кандалакшский район расположен на юго-западе Мурманской области, большая его часть находится за Полярным кругом. Раскопки, проведенные в районе Кандалакши, доказывают, что в бассейне реки Нива и на побережье Кандалакшской губы Белого моря жили люди уже семь тысяч лет назад. От тех времен на берегу залива недалеко от Кандалакши остались лабиринты – культовые памятники от первобытных людей. Первое упоминание в Новом времени о жителях Кандалакши встречается в Ростовской летописи и относится к 1526 году. Еще более раннюю историю имеет село Ковда - одно из самых старых и больших поселений Кандалакшской губы. В сборнике «Актов Соловецкого монастыря» есть записи о жителях Ковды, относящиеся к 1507 - 1514 годам.
Кандалакша - южные ворота Мурманской области, промышленно-транспортный центр, город с развивающейся экономикой и инфраструктурой. Кандалакша - крупный транспортный узел, в котором пересекаются главная железнодорожная артерия Кольского полуострова дорога Мурманск - Санкт-Петербург и автодороги Мурманск - Санкт-Петербург, Кандалакша - Терский берег, Кандалакша - Салла (Финляндия). Кроме наземных транспортных магистралей Кандалакша, расположенная на берегу Кандалакшского залива, имеет выход и на морские пути Белого моря.
В 1526 году на правобережной стороне поселения трудами Феодорита Кольского была построена церковь Рождества Иоанна Предтечи, в которой приняли христианство первые саамы, жившие близ Кандалакши.
Находясь в течение столетий на северо-западных рубежах Российского государства, здешние земли постоянно оказывались объектом притязаний соседних стран. Так в ночь 23 мая 1589 года шведские войска практически уничтожили селение. Монастырь и крестьянские дворы были разграблены и сожжены. Оставшиеся в живых отстроили монастырь, но уже в 1591 году шведские и финские отряды снова вторглись в поморские края. 23 мая 1598 года они напали на Кандалакшу и разграбили монастырь.
И в годы Великой Отечественной войны 1941-45 годов в Кандалакше были созданы истребительный батальон под командованием капитана Крячко и полк народного ополчения под командованием И. М. Уверова. В 1942—1944 г. — жители Кандалакшского района вместе с частями Советской Армии остановили и разгромили в годы Великой Отечественной войны немецко-фашистских захватчиков на кандалакшском направлении.
Флаг Кандалакшского района создан на основе герба Кандалакшского района представляющего собой собирательный образ крепостных ворот, сторожевых башен и церковной главки и потому флаг многозначен:
- церковная главка – символ бывшего монастыря и церкви, способствовавших утверждению на этих землях Российского присутствия;
- сторожевые башни - символ многократной защиты Кандалакшских земель от неприятеля;
- открытые ворота крепости – аллегория того, что Кандалакшский район является южными воротами Мурманской области, гостеприимно принимающий всех гостей и все грузы необходимые для жизнедеятельности всего Кольского полуострова;
- северное сияние – символ расположения большей части территории района за Полярным кругом. Такое же сияние и финифти щита (лазурь и червлень) присутствуют и в гербе Мурманской области, что подчеркивает крепкие связи области и района;
Голубой цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Красный цвет – символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
2.4. Авторская группа.
Идея: А. Юшков (Кандалакша).
Вексиллологическая доработка: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По сообщению В.Пермякова

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №9140.