Флаг сельского поселения Южненское утвержден решением № 81 Совета Южненского сельского поселения Белореченского района от 25 марта 2016 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 10960.

Описание флага:
"Прямоугольное синее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Южненского сельского поселения Белореченского района в зелёном, белом и жёлтых цветах".
Обоснование символики герба и флага.
Южненское сельское поселение расположено в предгорной зоне Северного Кавказа, южнее города Белореченск между реками Белая и Пшеха и включает в свой состав три населённых пункта. Административным центром поселения является посёлок Южный.
Земли сельского поселения богаты разнообразным лесным массивом, в котором преобладают деревья дуба, на что указывают три дубовых листа с плодами. Зелёный цвет и листья дуба с плодами показывают на бережное отношение к окружающей среде жителей Южного сельского поселения.
Зелёный цвет символизирует красоту окружающей природы, жизнь, надежду, здоровье и аллегорически указывает на растениеводство, которым занимаются в поселении.
Дуб символизируют силу, здоровье. Плоды дуба символизируют плодородие и надежду на молодое поколение. Количество листьев аллегорически указывает на три населённых пункта в составе поселения.
Реки Пшеха и Белая аллегорически отражены серебряным (белым) волнистым стропилом.
Серебро (белый цвет) символизирует миролюбие, мудрость, совершенство, чистоту.
Лазоревый (синий) цвет символизирует безупречность, добродетель, возвышенные устремления, волю, чистое небо.
Золото (жёлтый цвет) – символ величия, богатства, процветания и достатка.
Изображение крепостных башен аллегорически указывает на расположение поселения – между двух населённых пунктов: города Белореченска и станицы Пшехской, бывшими некогда военными укреплениями, с которыми у Южненского сельского поселения неразрывная экономическая, транспортная и социальная связь.
Авторская группа:
идея герба: В. Нагаевский (Тихорецк) А. Раков (Краснодар);
изображение: В. Нагаевский (Тихорецк);
обоснование символики: В. Нагаевский и Н. Нагаевская (Тихорецк).

Материалы предоставлены "Вексиллографии" М.Шаруновым