Городское поселение существовало до 2017 года, когда все муниципальные образования Истринского муниципального района были объединены в городской округ Истра.

Флаг городского поселения Истра утвержден решением Совета депутатов городского поселения Истра от 29 декабря 2008 года №5/5 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №4690. Описание флага:

"Флаг представляет собой прямоугольное синее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, в середине которого изображено желтое солнце из герба городского поселения".

Обоснование символики флага городского поселения Истра.
Флаг разработан с учётом герба городского поселения Истра, созданного на основе исторического герба заштатного города Воскресенск Московской губернии (название города до 1930 года). Исторический герб был Высочайше утверждён 16 марта 1883 года (по старому стилю) и его описание гласило:
"Въ лазуревомъ щите золотое сiяющее с лицомъ солнце. Въ вольной части - гербъ Московскiй. Щитъ увенчан червленою башенною короною о трехъ зубцахъ, и окруженъ двумя золотыми колосьями, соединенными Александровскою лентою".
Жёлтое (золотое) солнце в христианской культуре традиционно считается символом Воскресения Христова и, таким образом, означает историческое название города - Воскресенск. Город был основан в XVI столетии, а в 1656 году патриархом Никоном был создан мужской Воскресенский Новоиерусалимский монастырь, в качестве подмосковной патриаршей резиденции. Сегодня монастырь является одной из главных достопримечательностей города.
Жёлтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, уважения и жизненной энергии.
Синий цвет - символ чести, благородства, духовности и возвышенных устремлений.
Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки);
художник: Роберт Маланичев (Москва);
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

По материалам сайта "Союза геральдистов России"