Флаг Истобниковского СП утвержден Решением Совета депутатов администрации муниципального образования - Истобниковское сельское поселение от 28 февраля 2019 года № 220 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12306. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования, состоящее из трех вертикальных полос: зеленой у древка, желтой у свободного края, каждая шириной в 1/4 длины полотнища, и средней, шириной в 1/2 длины полотнища, состоящей из желтой вверху и зеленой внизу частей, разделенных вогнуто-выгнутой линией, нисходящей от верхнего свободного угла к нижнему древковому с отступом в 1/5 ширины флага от его верхнего и нижнего краёв. На зеленой полосе у древка изображен желтый колос, на желтой полосе у свободного края - зеленый рогоз, а на средней полосе - большое кольцо переменяющие цвета с синего на желтой части полосы на белый на её зеленой части, продетое в уши двух ключей синего, обращенного вверх бородкой к древку, и белого, обращенного вниз бородкой к свободному краю".

Разделение полотнища напоминает литеру "И"; волнообразное деление - реки Ока, Вожа; два ключа - два объединенных поселения, слово «истобник» переводится как «домоправитель, ключник»; колос - развитое земледелие; рогоз - по другому толкованию название поселения от слова «топь» (т.е.место заболоченное)".

По информации В. Маркова. Текст документа прислан В. Пермяковым