Флаг Исилькульского района утвержден решением Совета Исилькульского муниципального района от 20 марта 2013 года № 9 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 8340. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех горизонтальных полос желтого, голубого и красного цвета (шириной в отношении 1:1:3), несущее в центре вертикальную полосу голубого цвета, шириной 1/5 ширины полотнища. Из нижнего плеча креста - вырастают колосья желтого цвета, частично заходящие на крест, а поверх верхнего плеча креста изображены перекрещенные молоты белого цвета, частично закрывающие желтую полосы (все фигуры их герба Исилькульского района".

Обоснование символики флага Исилькульского района.
Географическое положение Исилькульского района в сочетании с природными условиями создают благоприятные предпосылки для развития хозяйства района. Исилькульский район расположен в южной части лесостепной зоны, где лесные участки чередуются с открытыми степными пространствами. По территории района, пересекая его с запада на восток и деля его как бы на две части, проходит федеральная автотрасса М51 Челябинск-Новосибирск и Транссибирская магистраль. Административный центр района поселок Исилькуль возник в 1895 г. одновременно со строительством Транссибирской железной дороги, когда на ней появилась новая станция, получившая название Исилькуль по имени близлежащего озера, что по-казахски значит "Гнилая вода". Район известен, прежде всего, своим промышленным потенциалом. Это предприятия транспортной сферы, в первую очередь, железной дороги, в 1955 г. переведенной на электрическую тягу. Здесь есть предприятия строительной, пищевой промышленности, элеватор, мебельная и трикотажная фабрики, цех телевизионного завода и т. д.
Символика флага Исилькульского района многозначно языком символов и аллегорий отражает его особенности:
- голубой крест - символизирует то, что район расположен в России, на границе с Казахстаном. Из-за его казахского названия, в 1925 году строились планы по передаче этого района в состав Казахстана (в то время называвшегося Киргизской республикой), однако поскольку население района в большинстве было русским, православным, то Исилькуль остался в РСФСР;
- крест - аллегория дорог, проходящих по территории Исилькульского района, связывающих казахский Петропавловск (на западе) с Омском (на востоке), северные районы Омской области с ее южными районами;
- перекрещенные молоты - как символ производства (в том числе транспортных предприятий) символизирует и прошлое Исилькульского района, его настоящее и будущее, связанное с развитием Транссибирской магистрали и федеральной трассы М51. Молот - символ труда;
- колосья - символ сельского хозяйства района, специализирующегося в выращивании зерновых культур. Колос - символ урожая, плодородия, экономической мощи.
Красный цвет - символ воинской и трудовой доблести жителей района, символ силы, мужества и красоты.
Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения.
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Авторская группа: Идея: Михаил Рязанов, Марина Гольман (оба - Исилькуль).
Вексиллологическая доработка: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Москва)".

Материалы cайта Союза геральдистов России