Флаг Харайгунского МО утвержден Решением Думы Харайгунского муниципального образования от 25 сентября 2023 года № 65. Согласно тексту Положения о флаге:

9.1. Флаг Харайгунского муниципального образования представляет собой красное прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на котором воспроизведенная композиция герба муниципального образования, чьи фигуры выполнены в белом, желтом, черном и зеленом цветах.
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.
9.2. Флаг составлен на основе герба муниципального образования и повторяет его символику.

"... Название села Харайгун происходит от слов на бурятском языке «хара уhан», которые переводятся на русский язык как «черная вода». Поэтому черная волнообразная оконечность герба является «гласным» элементом и олицетворяет название муниципального образования. Волнистая фигура, кроме того, показывает в гербе и расположение территории на правом берегу реки Оки.
Центральная фигура – корзинка грибов (маслят) — является символом природных богатств и значимости леса (сибирской тайги) для местных жителей. Также фигура корзины, полной грибов, олицетворяет гостеприимство и трудолюбие местных жителей.
Две ели символизируют окружающие леса, а также значимую роль лесозаготовок и деревообработки в истории и развитии муниципального образования. Кроме того, ель – главная фигура герба Зиминского района, и в гербе Харайгунского муниципального образования ель символизирует принадлежность поселения к району, также как и основной цвет поля щита – красный.
Красный цвет поля также олицетворяет и одну из ярких природных достопримечательностей, расположенных на территории муниципального образования, и одно из популярных мест отдыха и туризма для местных жителей и гостей – природный заказник-урочище «Красная гора».
Летящий орёл выступает в гербе символом разнообразия и уникальности местной флоры и фауны. Кроме того, в геральдике орел является символом величия, красоты, мужества, щедрости и великодушия.
Примененные цвета обозначают:
– Красный цвет (червлень) – символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы и красоты, праздника, также аллегорически символизирует местных тружеников и их ратный труд.
– Зеленый цвет (зелень) означает весну, здоровье, молодость и надежду, а также символизирует природу, окружающие леса.
– Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность.
– Серебро (белый) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения, а также символ зимы и снега.
– Золото (желтый цвет) является символом стабильности, энергии, высшей ценности и духовного богатства".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14557.

Источник - информация И. Афонасенко