Флаг Еткульского района утвержден постановлением районного Совета депутатов от 25 сентября 2002 года, №3. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1017. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба: стоящую на зелёной земле белую каменную стену (без зубцов) с жёлтыми деревянной башней с закрытыми воротами и флюгером на островерхой кровле; в правом нижнем углу полотнища - набегающие на землю синие, тонко окаймленные белым остроконечные волны. В красной части полотнища слева от башни -белый повёрнутый куб".

Обоснование символики флага Еткульского района.
Центр района- село Еткуль, известен с 1737 года как сторожевая крепость Исетской пограничной линии - это показано каменной стеной - символом надежности и самостоятельности, и башней - символом защиты,обороны, мощности, с закрытыми воротами и флюгером, аллегорически символизирующими богатую событиями историю Еткульского края.
Жёлтый цвет(золото) символизирует мудрость, знания, свет.
Красный цвет полотнища символизирует мужество, самоотверженность, красоту, справедливую борьбу и жизнь.
Куб показывает, что на территории Еткульского района находится крупнейшее в России месторождение белого мрамора,использовавшегося в облицовке станций Московского метрополитена, Государственного Кремлевского дворца, Государственной Третьяковской галереи, Храма Христа Спасителя.Продукция мраморщиков известна далеко за пределами России.
Белый цвет(серебро) символизирует совершенство, благородство, чистоту, веру, мир.
Синие волны указывают на многочисленные озёра, расположенные в восточной части Еткульского района, среди которых памятниками природы объявлены озёра Горькое, Б. Шантропай, Боровушка, а также на исторический приборный цвет Оренбургского казачьего войска.
Синий цвет(лазурь) в геральдике - символ истины, чести и добродетели.
Зелёный цвет дополняет символику природы района и аллегорически показывает, что Еткульский район расположен в лесостепной зоне области, а также этот цвет символизирует плодородие, возрождение и здоровье.
3.3.Авторская группа:
идея флага:Константин Мочёнов (г. Химки),
обоснование символики: Галина Туник (г. Москва),
компьютерный дизайн: Сергей Исаев (г. Москва).

Использованы материалы книги: К.Ф.Мочёнов, Г.А.Туник "Официальные символы Челябинской области и муниципальных образований"