Флаг Енисейского района утвержден Решением Енисейского районного Совета депутатов от 15 сентября 2009 года №37-473р и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №5716.

"3. Описание и обоснование символики флага Енисейского района
3.1. Описание флага Енисейского района:
«Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех вертикальных полос - зеленой, голубой с узкими белыми краями и зеленой, в соотношении 2:1:2. В середине голубой полосы изображена направленная вниз белая стрела, а на зеленых полосах изображены два, стоящих навстречу друг к другу желтых соболя, опирающихся на белые края, синей полосы».
3.2. Обоснование символики флага Енисейского района.
Енисейский район расположен почти в центре Красноярского края. Он протянулся на 400 километров с юга на север, по правобережью, и левобережью Енисея от устья р. Ангары.
История освоения и заселения Енисейского района началась в конце XVI начале XVII веков. Продвижение русских служилых людей шло преимущественно водно-волоковым путём. Постепенно, Енисейский район становится очагом земледелия и ремесла в регионе. Золотая лихорадка, разразившаяся в Енисейской тайге, превратила район в базу снабжения приисков хлебом, фуражом, оборудованием. В конце XIX века был построен Обь - Енисейский канал, соединивший Обь и Енисей кратчайшим путём для перевозки грузов из европейской части России в Восточную Сибирь и обратно.
Основная транспортная артерия района - Енисей. Во время весенне-летней распутицы сплав по реке самый дешёвый и простой способ добраться до многих населённых пунктов района. Поэтому в районе развиты все виды деятельности связанные с рекой. Енисейский район богат таёжными ресурсами, что способствует развитию охоты, сбора дикоросов, и т. д.
Главная река района Енисей символически представлена на флаге голубой полосой. Расположение голубой полосы между двух зеленых - аллегория на расположение земель района по обеим сторонам Енисея.
Соболи и стрела - заимствованы из печати Енисейского острога на грамоте 1671 года. В Царском Титулярнике, изданном в 1672 году, впервые приводится герб Сибири (царя Сибирского), на котором изображены лук со стрелами и два соболя. Соболи и стрела на флаге Енисейского района - символ связи с прошлым. Стрела на флаге Енисейского района направленная вниз - символ мира.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, плодородие. Кроме того, зелень символизирует природный парк "Сымский" расположенный на территории Енисейского района. В этом месте сохранились обширные боры - беломошники, среда обитания редких и хозяйственно ценных видов животных.
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Белый цвет (серебро) - символ совершенства, благородства, чистоты, веры, мира.
желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства.
3.3. Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки), Владимир Дюков (Красноярск);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

Документ из нормативной базы Министерства юстиции