Флаг Эмисского наслега утвержден решением наслежного Совета депутатов от 24.05.2019 года № 3. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13028.

Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Эмисского наслега в синем, зелёном, жёлтом, белом и красном цветах.

Материалы геральдического архива В. Маркова, а также информация Р. Ахмадулина