Флаг Духовницкого муниципального района повторяет композицию герба района. Флаг утвержден Решением районного Совета объединенного муниципального образования Духовницкого района от 25 сентября 2003 года № 27/298 и от 28 декабря 2004 года №40/440. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище синего цвета с отношением высоты к длине 2:3, в центре которого белая горлица с красными лапами, глазами и клювом, летящая к древку и несущая в клюве желтый колос. Размеры изображения горлицы по крайним измерениям составляют: в высоту 7/8 от высоты полотнища, в ширину 2/3 от длины полотнища".

Материалы любезно предоставлены М.В.Ревнивцевым (г.Энгельс) со ссылкой на официальный сайт Администрации Духовницкого МР.

В феврале 2005 года флаг ОМО Духовницкого района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1766.

Новое Положение о флаге района утверждено Решением Районного собрания Духовницкого муниципального района от 24 сентября 2009 года №64/689. При этом решение от 25.09.2003 г. о флаге признано утратившим силу. Cам флаг при этом не поменялся, разве что горлица стало изображаться несколько мельче.

"Флаг Духовницкого муниципального района представляет собой прямоугольное полотнище, синего цвета. Отношение ширины флага к его длине – 2:3.
В центре Флага расположено изображение птицы горлицы (серебро), летящей геральдически вправо, что является символом «святого духа», духовности. В клюве горлица держит колос пшеницы, символизирующей основное направление сельскохозяйственной деятельности района.
Синий – это цвет честности, дружбы народов, населяющих Духовницкий район, кроме того, он символизирует водные богатства, которые находятся на территории района.
Флаг выполнен в соответствии с композицией, расцветкой и геральдическим содержанием утвержденного герба".

Решением районного Собрания от 28 января 2010 года №72/749 в Положение о флаге Духовницкого района внесены изменения, не затронувшие собственно внешнего вида и описания флага.