Флаг Даниловского района утвержден Решением Земского Собрания Даниловского муниципального района Ярославской области № 23 5 марта 2009 года. Флаг и герб района выполнены на основе исторического герба города Данилова (но для отличия от герба города внесены изменения).

По материалам сайта Администрации Даниловского муниципального района

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 4836.