Флаг сельсовета утвержден решением Цнинского сельского Совета народных депутатов от 29 ноября 2017 года № 325 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11635. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище зеленого цвета с отношением ширины к длине 2:3, на котором изображены фигуры из герба Цнинского сельсовета, выполненные голубым, жёлтым, белым, зеленым и малиновым цветом".
Обоснование символики флага Цнинского сельсовета.
В 1638 году для защиты от набегов крымских и ногайских татар, в двенадцати километрах к югу от крепости Тамбов, был создан оборонительный кордон. Он назывался вначале Бойкино, а затем Бокино - это название сохранилось до сегодняшнего дня.
В 1969 году между Бокино и городом Тамбовом на пустыре вырос рабочий поселок Бокинского строительного комбината. Именно тогда возникла потребность в жилье для рабочих многих строительных предприятий. Постепенно стали появляться первые дома, в основном их стали заселять рабочие - в большинстве сами строители, отсюда и название посёлка - Строитель. В январе 1987 года на территории посёлка Строитель образовался сельсовет, названный Цнинский.
Символика фигур, изображённых на флаге Цнинского сельсовета, многозначна:
- столб, с бегущими вниз волнами,- символизирует реку Цну (самую крупную водную артерию Тамбовской области), протекающую по территории поселения и давшую ему название.
Река - символ времени и необратимых процессов.
- строящаяся стена - символизирует строения возведённые жителями посёлка Строитель, как и сам посёлок Строитель - нынешний административный центр Цнинского сельсовета. Стена - символ стойкости и постоянства, незыблемости и неприступности, защиты и опоры.
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Жёлтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения. Зелёный цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Малиновый цвет (пурпур) - символ власти, славы, почёта, благородства происхождения, древности.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки), Сергей Янов (пгт Малаховка);
художники и компьютерный дизайн: Ольга Салова, Наталья Кудря (обе - Москва);
обоснование символики: Сергей Янов (пгт Малаховка).

По материалам сайта Союза геральдистов России. Текст документа прислан В. Пермяковым