Флаг Чунского района утвержден решением Чунской районной Думы № 415 от 10 ноября 2008 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №4534. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из четырех равных прямоугольных частей: желтой и зеленой сверху, зеленой и желтой снизу. Каждая из желтых частей несет изображение зеленой ели, зеленая верхняя часть - желтое с оранжевыми тенями изображение рябчика, нижняя - выполненное теми же цветами изображение обернувшегося бурундука. Поверх границ частей расположено белое изображение звезды с восемью лучами, причем горизонтальные и вертикальные лучи достигают краев полотнища".

Обоснование символики:
Чунский район, как и его центр, поселок Чунский получили свое название по главной водной артерии района реке Чуне (Уда). Происхождение названия реки связывают с эвенкийским "чуник", что означает "звук, издаваемый рябчиками или бурундуками", в изобилии встречающихся в местных лесах.
Большая часть района покрыта хвойными лесами (ангарская сосна), богатыми зверьем и птицей. В прошлом район был охотопромысловый, поскольку в лесах водились соболь и горностай, колонок и белка, росомахи, рыси, лоси и медведи. В реках района попадались выдры и ондатры. В настоящее время основное занятие жителей района связано с лесозаготовкой и лесопереработкой.
Флаг района отражает и природные особенности района (зеленая ель), и этимологию названия реки, поселка, района, символически связанного с образом бурундука и рябчика. Ель - многозначный символ:
- вечной жизни;
- стойкости, терпения, возрождения;
- радости и праздника.
Восьмиконечная звезда (аллегория знака Роза ветров) - символ путеводности, романтики, открытия и освоения новых земель, возвышенных устремлений.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, надежду.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, ясности, открытости.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Фефелова (Балашиха);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По информации А.Осипова (г.Иркутск)