Флаг Черноземельского района утвержден решением № 2 Совета Черноземельского районного муниципального образования Республики Калмыкия от 2 февраля 2016 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 10741. Согласно тексту Положения о флаге:

Описание флага:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделённое вертикально на равные синюю и красную полосы и воспроизводящее элементы герба Черноземельского районного муниципального образования Республики Калмыкия в жёлтом, белом, сером и красном цветах".
Обоснование символики герба и флага.
Герб Черноземельского РМО РК языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и экономические особенности Черноземельского РМО РК.
Синее высокое небо, воздух чистый и прозрачный, которым легко дышится, очень много солнца, которое и светит, и греет бескрайние степные просторы – все это способствует формированию таких качеств, как доброта, стремление к созиданию, любовь ко всему, что нас окружает.
Лазоревый (синий) цвет герба для калмыков символизирует обожествляемое вечно синее небо, чистоту, постоянство, надежность.
Червлёный (красный) цвет символизирует жизнь и красоту, доброту и мужество.
Золото (желтый цвет) также традиционный цвет калмыков, этот цвет отражает вероисповедание калмыцкого народа – буддизм.
Золото (жёлтый цвет) символизирует величие, богатство, процветание, прочность, а также просвещение и мудрость.
Солнце – символ тепла и света, символ постоянства и благополучия. Солнце выполнено в виде стилизованного круглого диска с двенадцатью лучами, распространяющими свет и добро всему сущему, живущему под небом и солнцем. Число "12" – количество периодов, циклов в отсчете времени, принятых в восточном буддийском летоисчислении.
Изображение кибитки символизирует гостеприимство и открытость калмыцкого народа, а также указывает на то, что калмыки исторически – кочевой народ.
Развёрнутый свиток – символ, указывающий на вероисповедание калмыков, именно на свитках хранятся буддистские молитвы - мантры.
Государственный природный биосферный заповедник «Черные земли», расположенный на землях района – аллегорически отражён изображением полевого тюльпана, цветка, к которому у калмыков благоговейное отношение.
Изображение головы быка и барана говорит о животноводческой направленности в развитии сельского хозяйства в Черноземельского РМО РК, а выращивание КРС и овцеводство являются доминирующими.
Серебро (белый цвет) – символ мирных взглядов, добра и щедрости.
Авторская группа:
идея герба и изображение В. Нагаевский (Тихорецк);
обоснование символики: В. Нагаевский и Н. Нагаевская (Тихорецк).

Материалы предоставлены М.Шаруновым. Текст решения - от В. Пермякова