Флаг Черниговского СП утвержден решением № 8 Совета Черниговского сельского поселения Белореченского района от 16 октября 2014 года и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 9892. Согласно тексту Положения о флаге:

Описание флага
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Черниговского сельского поселения Белореченского района в синем (голубом), белом, чёрном, жёлтом, зеленом и красном цветах".
Обоснование символики герба и флага.
Герб и флаг языком символов и аллегорий отражают исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Черниговское сельское поселение расположено в предгорной зоне Краснодарского края, через которую протекают чистые горные реки Пшиш и Кашка, аллегорически показанные синими (голубыми) боковиками.
Административный центр поселения станица Черниговская получила своё наименование в честь Черниговского полка, размещавшегося в ней, названного в свою очередь от города Чернигов, основным символом которого является чёрный орёл, с распростёртыми крыльями, держащий в правой лапе трилистный крест.
Населённые пункты поселения станица Черниговская и станица Гурийская основаны кубанскими казаками, на что указывает изображение положенной в левую лапу орла шашку в ножнах.
Буйность окружающей природы, её красота и бережное отношение жителей поселения к окружающей среде показано веткой калины. Калина одно из самых распространённых и любимых жителями поселения растений. Данное растение также аллегорически указывает на своеобразную взаимосвязь многих черноморцев и переселенцев из Украины в населённые пункты Черниговского поселения.
Лазурь (синий цвет) символизирует чистое небо, веру, искренность, добродетель, возвышенные устремления.
Золото (жёлтый цвет) символизирует величие, богатство и процветание.
Серебро (белый цвет) – символ мудрости, совершенства, чистоты, справедливости и великодушия.
Червлёный (красный) цвет символ красоты, праздника, труда.
Чёрный цвет – символ постоянства и мудрости.
Авторская группа:
идея герба и изображение В. Нагаевский (Тихорецк);
обоснование символики: В. Нагаевский и Н. Нагаевская (Тихорецк).

Материалы предоставлены М.Шаруновым