Административный центр района - пгт.Чернянка. Первое упоминание о слободе Ново-Ивановке в исторических документах относится к 1656 году, впоследствии слобода стала именоваться Чернянка. Принадлежала к Новооскольскому уезду Курской губернии. В 1928 году в составе Центрально-Черноземной области был образован Чернянский район. При разделе 13 июня 1934 года Центрально-Черноземной области Чернянский район был отнесен к Курской области. При создании 6 января 1954 года Белгородской области Чернянский район был передан в её состав.

Использованы материалы Энциклопедического Словаря Брокгауза и Ефрона, Малой Советской Энциклопедии 2-го издания и официального сайта Администрации Белгородской области

Флаг Чернянского района утвержден Решением муниципального Совета Чернянского района от 21 февраля 2008 года № 24. Описание флага:

"Двухстороннее прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Чернянского района в белом, чёрном и жёлтом цветах с аналогичным зеркальным отображением композиции герба Чернянского района в белом, чёрном и жёлтом цветах на оборотной стороне".

Обоснование символики флага
Воспроизведённая на лицевой и оборотной сторонах флага муниципального района «Чернянский район» композиция герба муниципального района «Чернянский район» в белом, чёрном и жёлтом цветах отображает расположенную в чёрном поле серебряную тройную гору и в ней чёрные врата с золотыми открытыми створами и порталом, завершённые вверху золотым восьмиконечным (голгофским) крестом и символизирующими старинные Холкинские пещеры (расположены на территории муниципального района «Чернянский район»), в которых находится единственный, уникальный по архитектуре и планировке, восстановленный православный пещерный Троицкий Спасо-Преображенский мужской монастырь, основанный в первой четверти XVII веке, с церковью внутри Меловой горы.

Флаг разработан на основе герба, утвержденного Постановлением главы администрации района № 340 от 11 сентября 1995 года и внесенного в Государственный геральдический регистр РФ под № 126.

Источник - "ВИКИПЕДИЯ" (ст. "Флаг Чернянского района")

Собственно флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ только в 2015 году под № 10263.