Флаг Бородинского сельсовета утвержден решением Совета депутатов Бородинского сельсовета от 09 августа 2022 года № 77 и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 14019. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из четырех равных треугольных частей зеленого (вверху и внизу) и желтого (у древка и свободного края) цветов, воспроизводящее фигуры из герба Бородинского сельсовета, выполненные белым, желтым и бордовым цветами. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага Бородинского сельсовета.
Во флаге Бородинского сельсовета простым языком символов и аллегорий отражены состав поселения, основная деятельность местных жителей и природные достопримечательности окрестностей.
История современного Бородинского сельсовета начинается с 1810 года, когда было основано село Бородино – административный центр сельского поселения.
Деление поля на четыре части многозначно:
- Бородинский сельсовет состоит из четырех населенных пунктов: села Бородино и деревень: Полиндейка, Таёжная и Толчея, что аллегорически показано в виде четырех частей из которых составлено поле флага;
- зеленый цвет поля - символизирует посевные работы, выращивание сельскохозяйственных культур, выпас скота;
- желтый цвет (золото) - символ сбора богатого урожая, сенокоса, удобрения почвы;
- чередование желтых и зеленых частей аллегорически указывает на четыре времени года, как непрерывный цикл сельского хозяйства, в котором в каждое время года ведутся различные работы.
Большое значение в развитии Бородинского сельсовета имеет сельское хозяйство, связанное с образованием в 1930-х годах совхоза «Скотовод», затем преобразованного в Племенной завод «Бородинский», где главным было разведение крупного рогатого скота породы Герефорд. Бык – символ достатка, щедрости, процветания, силы, выносливости.
Геральдическая фигура - желтое (золотое) стропило со скругленным верхом в гербе символически указывает:
- верх стропила на то, что поселение расположено в предгорной местности;
- низ стропила на то, что основные памятники природы связаны с одними из самых популярных мест Хакасии, уникальными геологическими объектами: Бородинской пещерой с настоящими сталактитами и сталагмитами, пещерой «Двуглазка», и другими.
Примененные во флаге цвета и металлы дополняют его символику:
желтый цвет (золото) - символ прочности, богатства, величия, интеллекта и великодушия;
белый цвет (серебро) – символ непорочной чистоты, духовности и мира;
зеленый цвет - символ плодородия, весны, надежды и здоровья;
бордовый цвет (пурпурный) - символ древнего происхождения, достоинства и уважения.
Авторская группа.
идея герба: Игорь Фатеев (с. Боград), Евгений Байкалов (Красноярск);
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Екатерина Моченова (Москва).

Источник - Союз геральдистов России