В соответствии с Законом Ставропольского края от 14 апреля 2017 года № 38-кз все муниципальные образования Благодарненского муниципального района были преобразованы в новое МО - "Благодарненский городской округ". А административно-территориальном отношении продолжил существование Благодарненский район.

Флаг Благодарненского района утверждён Решением совета Благодарненского муниципального района Ставропольского края от 26 июля 2011 года № 224. Согласно тексту Положения о флаге:

2.1. Описание флага Благодарненского муниципального района:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище голубого цвета с отношением ширины к длине 2:3, с зеленой полосой вдоль нижнего края (в 1/7 ширины полотнища) на которой стоит желтый каравай с белой солонкой; к верхнему краю примыкает белое облако, из которого выходит длань».
2.2. Рисунок флага Благодарненского муниципального района приводится в приложении, являющемся неотъемлемой частью настоящего Положения.
2.3. Обоснование символики флага Благодарненского муниципального района.
Флаг разработан на основе герба Благодарненского муниципального района.
Планомерное освоение территории современного Благодарненского муниципального района началось в конце XVIII столетия, когда в 1777 году императрицей Екатериной II был подписан указ о создании Азово-Моздокской укрепленной линии.
Плодородные земли стали залогом успешного развития сельского хозяйства. И в настоящее время основным направлением развития экономики района является зерновое сельскохозяйственное производство. Более 80 процентов территории района занимают пашни. Благодарненский муниципальный район занимает лидирующие позиции в производстве и заготовке зерна, играя важную роль в агропромышленном комплексе Ставропольского края.
Каравай с солью символизирует Благодарненский район не только как сельскохозяйственный, но и подчёркивает радушие и гостеприимство местных жителей, их заботу о своем крае.
Рука, выходящая из облака – символ покровительства, защиты, благословения, божественного покровительства – подчеркивает природное богатство, плодородие почв и климат, благоприятствующий развитию земледелия. Открытая ладонь также символизирует доброжелательность и радушие.
Голубой цвет – символ чести, благородства, духовности; цвет бескрайнего неба
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, совершенства, взаимопонимания.
Зеленый цвет – символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста.
Желтый цвет (золото) – символ урожая, богатства, стабильности, уважения и интеллекта.
2.4. Авторская группа:
идея флага: Сергей Майоров (г.Ставрополь), Константин Моченов (г.Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (г.Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (г.Конаково)".

Источник - http://www.abmrsk.ru/city/sovet/resheniya/

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 7154.