Центр поселения - п. Зарубино.

Флаг Бакшеевского СП утвержден решением Совета депутатов Бакшеевского сельского поселения от 31 июля 2018 года № 21. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 12006.

2.1. Описание флага Бакшеевского сельского поселения:
"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба Бакшеевского сельского поселения, выполненные в красном, желтом, белом и синем цвете".
2.2. Рисунок флага Бакшеевского сельского поселения приводится в приложении 1, являющемся неотъемлемой частью настоящего Положения.
2.3. Обоснование символики флага Бакшеевского сельского поселения.
Флаг разработан на основе герба Бакшеевского сельского поселения, и повторяет его символику, которая многозначна и отражает, природные, культурные, профессиональные и исторические особенности поселения.
Современное поселение расположено на территории бывшего Борщинского стана вдоль правого берега Волги. Здесь же проходит известный старинный торговый тракт из Ярославля в Кострому.
В состав Бакшеевского сельского поселения входит 36 населенных пунктов: поселки Зарубино и Паточного завода; деревни: Бакшейка, Борщино, Будихино, Василёво, Веригино, Деньгино,Дербино, Емельянка, Заречье, Зарубино, Захарово, Злобино, Каримово, Клобушнево, Клюшниково, Конино, Конюхово, Коряково, Косино, Любовниково, Палкино, Пепелино, Песочное, Рыбное, Самково, Самычево, Скородумки, Слободка, Терентьево, Уварово, Филино, Чижово; станция Каримово и хутор Филино. Многие из них имеют богатую историю.
Бочка, состоящая из многих клепок, охваченных обручами - аллегорически показывает единство и неразрывную связь каждого их 36 населенных пунктов Бакшеевского сельского поселения.
Основным предприятием Бакшевского сельского поселения является ЗАО «Костромской крахмало-паточный завод» - одно из ведущих крахмало-паточных предприятий на территории России. Завод был построен в 1878 году предпринимательницей Марией Григорьевной Спиридоновой. На заводе перерабатывали картофель в крахмал, а из крахмала вырабатывали патоку. В настоящее время завод модернизирован и специализируется по выпуску следующих видов продукции: концентрат квасного сусла, патока мальтозная, концентрат пивного сусла, ячменно-солодовый концентрат и др. Во флаге бочка – символ хранения патоки, а двумя цветками картофеля символически показано то, из чего изготавливался крахмал.
Желтая (золотая) полоса в виде тонкого стропила - символ производственных цехов завода, дома и надежной защиты.
Бакшеевское сельское поселение входит в состав Костромского муниципального района, расположенного на берегах реки Волга, что в гербах поселений района показано оконечностью с бегущими волнами.
Символика цветов флагаа:
- желтый цвет (золото) - символ солнечного света, знаний, успеха, достижений, богатства;
- белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения;
- красный цвет (червлень) - символ труда, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника;
- синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
2.4. Авторская группа:
- идея флага: Олег Сурков, Светлана Конькова, Наталья Магомеджанова, Нина Щеглова (все - п.Зарубино),Алексей Позин (Кострома), Константин Моченов (Химки);
- художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
- обоснование символики: Алексей Позин (Кострома), Константин Моченов (Химки).

По информации В. Пермякова