Флаг Бабынинского района утвержден решением Совета депутатов муниципального района "Бабынинский район" от 16 октября 2018 года № 197. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12134. Описание флага:

"2.1. Описание флага муниципального района «Бабынинский район»:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба муниципального района «Бабынинский район», выполненные зеленым, белым, синим и желтым цветом»
...
2.3. Обоснование символики флага муниципального района «Бабынинский район».
Флаг муниципального района «Бабынинский район» создан на основе герба муниципального района «Бабынинский район» и повторяет его символику.
Фигуры флага аллегорически показывают, что Бабынинский район в основе своей является сельскохозяйственным районом, расположенном на берегах реки Выссы (синий волнистый столб).
Желтый цвет (золото) - символ прочности, богатства, величия, интеллекта и прозрения.
Синий цвет (лазурь) в геральдике - символ чести, славы, преданности, истины, красоты, добродетели и чистого неба.
Зеленый цвет символизируют природу района.
Зелёный цвет - символ плодородия, благополучия, надежды и здоровья.
2.4. Авторская группа:
Константин Мочёнов (Химки);
художник: Роберт Маланичев (Москва);
обоснование символики: Галина Туник (Москва);
компьютерный дизайн: Юрий Коржик (Воронеж), Ольга Салова (Москва).

Текст документа прислан В. Пермяковым