Флаг Бабагайского МО утвержден Решением Думы муниципального образования «Бабагайское сельское поселение» от 25 октября 2018 года № 10/4. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12110. Описание флага:

"Флаг муниципального образования представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на всю поверхность которого распространена композиция из герба муниципального образования с заменой геральдического золота и серебра соответственно желтым и белым цветами".

Для справки дадим описание герба, утвержденного тогда же:

"В золотом поле черный медведь настороже с серебряными глазами и когтями, стоящий на зеленой оконечности, в которой пять соединенных в основании золотых головок колосьев, расходящихся в стороны веерообразно; в верхнем левом углу червленый солярный знак в виде сквозного ромба с выступающими на каждой из сторон четырьмя лучами (по лучу из углов и два посередине), внутри которого четыре ромба меньшего размера (один, два и один) и сопровожденного сверху и снизу тоже по ромбу меньшего размера".

Обоснование символики герба Бабагайского муниципального образования.
Выбранные для герба Бабагайского муниципального образования фигуры и цвета отражают его природные и производственные особенности.
Бабагайское МО является составной и неотъемлемой частью Заларинского района Иркутской области. Его территория имеет земледельческую направленность: помимо частных земельных угодий, дающих урожаи, обеспечивающие личное благосостояние жителей, здесь есть земли, на которых трудятся фермеры.
В настоящее время муниципальное образование включает в себя пять населенных пунктов: Бабагай, Мариинск, Жизневку, Муруй и Исаковку. Колосья в гербе символически отражают одно из основных занятий всех жителей поселения, связанных с земледельчеством, а пять колосьев символизируют населенные пункты, входящие в состав Бабагайского МО.
Медведь, изображенный в центре герба, выступает как символ силы. Медведь самый крупный и величественный зверь, обитающий в здешних лесах. Изображение животного на гербе объясняется и другой причиной. Центральной усадьбой МО является село Бабагай, основанию которого когда – то положили буряты. «Бабагай» побурятски означает – медведь. По всей видимости, это животное было часты гостем, наведывающимся к местным жителям, и не просто гостем, а особо почитаемым. В шаманской традиции бурят – медведь считался священным зверем, он воспринимался как существо, превосходящее по магической силе любого шамана.
Солнце – символ жизни, источник света, согревающий и дающий жизнь на земле. Изображение солнца в белорусских традициях, не случайно. С историей белорусов – переселенцев, прибывщих в Сибирь в эпоху столыпинских реформ, связано появление Мариинска – одной из деревень муниципального образования. В 1910 году семьи белорусских переселенцев обосновались на участке рядом с Бабагаем, так было положено начало новой деревни. Сегодня на территории поселения функционирует отделение «Лянок», Иркутского товарищества белорусской культуры имени Яна Черского, в муниципальном образовании постоянно проводятся народные праздники, обряды, знакомящие жителей села и их госте с историей и культурой белорусского народа.
Зеленый цвет – символизирует богатство флоры и фауны края.
Золото – символ высшей ценности и величия, великодушия, богатства, урожая.
Черный - символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность.
Красный – согласно преданьям наших белорусских предков - символ солнца и жизни.
3.5. Авторская группа: идея герба: Давыдова Алена (Мариинск);
художник и компьютерный дизайн: Давыдова Алена (Мариинск); обоснование символики: Давыдова Алена (Мариинск);

Материалы геральдического архива В. Маркова

По информации В. Пермякова в уже упоминаемом Решении Думы Бабагайского МО от 25.10.2018 г. № 10/4 описание флага и герба было другим, медведь изображался на зеленом поле.

По информации В. Пермякова