В 2005 году в составе Наро-Фоминского муниципального района было создано МО "cельское поселение Атепцевское". Летом 2017 года МО "Наро-Фоминский муниципальный район" упразднено, создано новое МО "Наро-Фоминский городской округ". Все муниципальные образования в составе муниципального района упразднены. Однако, как административно-территориальная единица район сохранен, города и села в его составе сохранили свой статус.

Флаг сельского поселения Атепцевское утверждён Решением Совета депутатов СП Атепцевское от 11 апреля 2007 года № 4/15. Согласно тексту Положения о флаге:

"3.1. Описание флага сельского поселения Атепцевское.
"Флаг сельского поселения Атепцевское представляет собой зеленое прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3, с белым участком у древка, отделенным восходящей извилистой линией, начинающейся от нижнего угла у древка и заканчивающейся на верхнем крае (на расстоянии 1/2 длины полотнища от свободного края) и обрамленной тремя уменьшающимися изображениями колес - по краям белыми и в середине зеленым".
3.2. Обоснование символики флага сельского поселения Атепцевское.
Основной фигурой флага поселения является колесо, символика которого многозначна:
- это движение, развитие, прогресс;
- три колеса на флаге сельского поселения начиная с большого колеса аллегорически отражают самые крупные территориальные единицы, входящие в настоящее время в состав поселения: село Атепцево, поселок Новая Ольховка и село Каменское (в этих трех населенных пунктах проживает свыше 90% всего населения сельского поселения);
- колесо воспринимается как символ Солнца, поскольку его спицы напоминают лучи небесного светила;
- колесо - символ вечно текущего времени, а три колеса символизируют связь времен: от прошлого - через настоящее - к будущему;
- колесо служит символом постоянного движения. На флаге сельского поселения Атепцевское колесо, повторенное трижды, символизирует поступательный рост производства с 4 рабочих у купца Алешина до многих сотен человек в настоящее время.
На флаге в аллегорическом виде представлена вся история развития промышленности сельского поселения. В прошлом (маленькое колесо) небольшая бумажная фабрика купца Алешина, она в советское время (среднее колесо) превратилась в писчебумажную фабрику "Новая жизнь", а затем - в крупное градообразующее предприятие - завод электроизоляционных материалов "Элинар", которое в настоящее время является передовым предприятием по выпуску электроизоляционных материалов не только в России, но и за рубежом. В настоящее время в сельском поселении промышленность представлена крупными предприятиями разного профиля (большое колесо), такими, как ОАО "ХК Элинар", ООО "Эйвон Бьюти Продактс Компани", ООО "Рексам" и т.д.
Волнистая линия, разделяющая флаг на две части, символизирует:
- реку Нару, протекающую по территории сельского поселения;
- ленту бумаги или изоляционного материала;
- линию обороны, проходившую в октябре - декабре 1941 г. по территории современного поселения.
Цветовое решение флага сельского поселения Атепцевское (серебро - зелень) совпадает с цветовой гаммой герба Наро-Фоминского района, что символизирует культурную, историческую и экономическую общность двух муниципальных образований.
Серебро - символ чистоты, ясности, открытости.
Зеленый цвет на флаге - символ природы, здоровья, жизненного роста - символизирует природу, окружающую поселение, а также развитое сельскохозяйственное производство, представленное тремя современными хозяйствами. Изображение флага, выполненное в серебристо-зеленой цветовой гамме, аллегорически показывает культурную, историческую и экономическую общность двух муниципальных образований - Наро-Фоминского муниципального района и сельского поселения Атепцевское.
3.3. Авторская группа:
идея флага: Людмила Кабанова (Наро-Фоминский район), Константин Моченов (Химки);
художник: Оксана Фефелова (Балашиха);
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

В сентябре 2008 года флаг Атепцевского СП внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 4211. При этом по рекомендации Геральдического совета композиция была сдвинута к центру полотнища.

Это оформлено Решением Совета депутатов сельского поселения Атепцевское от 19 декабря 2008 года №11/27, в решение от 11.4.2007 внесены изменения. В частности, описание флага изложено следующим образом:

"Флаг сельского поселения Атепцевское представляет собой зелёное прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3 с белым участком у древка, отделённым восходящей извилистой линией, начинающейся от нижнего угла у древка (на расстоянии 1/6 длины полотнища от древка) и заканчивающейся на верхнем крае (на расстоянии 2/3 длины полотнища от свободного края) и обрамленной тремя уменьшающимися изображениями колёс — по краям белыми и в середине зелёными".

Т.е. линия раздела белого и зеленого цветов стала начинаться не из нижнего древкового угла, а на некотором расстоянии от него. Вероятнее всего флаг с самого начала был именно таким, а некорректным было первоначальное описание.

Использованы материалы сайта "Союза геральдистов России" и справочной правовой базы "Гарант"