Центр муниципального образования - поселок Атагай.

Флаг Атагайского МО утверждён Решением Думы Атагайского МО от 21 мая 2024 года № 83 "Об утверждении Положения о гербе и флаге Атагайского муниципального образования". Описание флага:

Флаг Атагайского муниципального образования представляет собой прямоугольное полотнище белого цвета с соотношением сторон 2:3, на котором воспроизводятся фигуры из герба Атагайского муниципального образования, выполненные с заменой геральдических червлени, лазури и золота соответственно красным, голубым и жёлтым цветами». Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Девять золотых треугольных шляп, символизируют населённые пункты, входящие в состав Атагайского муниципального образования. Также они говорят о многонациональном составе Атагайского муниципального образования (русские, украинцы, литовцы, немцы поволжья, татары, буряты и другие). Зелёная сосна с золотыми стволом и ветвями олицетворяет важность и материальную значимость деревьев на территории муниципального образования. Червлёная островерховая пятиглавая гора, является одной из достопримечательностей Атагайского муниципального образования. Своим цветом она обязана выходящим на поверхность пластам целебной красной глины. Цвета, используемые для изображения в гербе, символизируют:
Лазурь (голубой, синий цвет) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Золото, желтый цвет - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Червлень, красный цвет - символизирует мужество, красоту и жизнь.
Зеленый цвет- олицетворяет землю, покрытую травой и символизирует любовь, дружбу и изобилие.
Серебро (белый цвет) - символ чистоты и невинности.

Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 14971.

Летом 2004 года в решение от 21 мая 2024 года было внесено изменение, но оно коснулось только герба городского поселения (см. Решение Думы Атагайского МО от 29 августа 2024 года № 89 "О внесении изменений в Положение о гербе и флаге Атагайского муниципального образования")

По материалам геральдического архива В. Маркова