Флаг Аптекарского Острова утверждён Решением Муниципального совета муниципального образования муниципальный округ Аптекарский остров № 13/4 6 ноября 2009 года:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба в синем, зеленом, белом и желтом цветах".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 5655.

Материалы геральдического архива В.Маркова cо ссылкой на информацию от К.Башкирова (г.Санкт-Петербург).