Флаг наслега утвержден решением наслежного Совета депутатов от 22 марта 2023 года № 6. Внесен в Государственный геральдический регистр под № 14851. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Алагарского наслега в синем, жёлтом и зелёном цветах".

Обоснование символики герба
Лазоревый цвет поля символизирует богатую карасями озеро «Чыаппара», где расположен центр Алагарского наслега село Чыаппара.
У народа саха, в частности Алагарского наслега, большим уважением пользуется птица – жаворонок (күөрэгэй), так как еще с советских времен наслег славится своими певцами. Такими, как: Анастасией Петровной Лыткиной – заслуженной артисткой РСФСР и ЯАССР, еще при жизни названной «якутским жаворонком», Федором Федоровичем Гоголевым – мелодистом, автором гимна Чурапчинского улуса «Ол мин дойдум, Чурапчы!», основателем вокального квартета «Иэйии» - лауреата международных, республиканских конкурсов, Чепаринского мужского народного хора им. Ф.Гоголева – заслуженного коллектива России, и .т.д.
Жаворонок – птица доброго предзнаменования в народных верованиях. Символизирует не только певческий талант наслега, но и связывается с юношеским задором наслега, порывом радости человека, а также рано пробуждающимся неутомимым тружеником села.
Три сердцеобразных растительных орнамента означают любовь, заботу о маленьких, окруженных крутыми холмами, расположенных близко друг от друга Родных Алагарских аласах.
Цифра 3 (три) может означать Үс кут (Салгын кут, Ийэ кут, Буор кут), еще прошлое, настоящее и будущее наслега, его процветание, изобилие, благополучие, счастье.

Материалы геральдического архива В.Маркова (г.Санкт-Петербург)